从这个图的C图可以看出,ATAC-seq signal的peak主要位于enhancer和promoter区域,通常也是转录因子和Polii结合的位置。 From: Chromatin accessibility profiling by ATAC-seq ChIP-seq的peak代表转录因子的结合峰 From: Identifying ChIP-seq enrichment using MACS发布...
nucleosome_signal < 2 & TSS.enrichment > 1 ) pbmc 基因表达数据处理 我们可以使用 SCTransform 对基因表达数据进行标准化,并使用 PCA 降低维度。 DefaultAssay(pbmc) <- "RNA" pbmc <- SCTransform(pbmc) pbmc <- RunPCA(pbmc) DNA可及性数据处理 ...
peaks = read.table('/home/zjin/data/3-21/GJM/horse/GJM_peaks.narrowPeak') colnames(peaks) = c('chr','start','end','name','score','strand','signal','pval','qval','peak') peaks.gr = makeGRangesFromDataFrame(peaks,keep.extra.columns=TRUE) bam.file ="/home/zjin/data/3-21/GJM...
除了promotoer就是enhancer TSS enrichment和motif是两个不同的套路,TSS是特指启动区域,每个基因只有一个;另一个就是motif,这就是抓出TF,哪些TF在发挥作用 分析套路 鉴定差异peak 两组数据比较 多组数据比较 - peak cluster 处理细节: Peak calling was performed using MACS2 from all sample reads. 多样本这样...
图b展示的是class-specific enrichments：不同染色质状态（转录区、启动子区等）对应的片段分布各有其特点，比如promoter区的片段大小明显地分布在200-750bp，而CTCF则集中在小片段。因此可以通过ATAC-seq获得的差异片段分布来反映染色质不同states的accessibility fingerprint。这些differential fragmentation ...
TSS富集得分的背后思想是,由于大蛋白复合体会结合在启动子区域,ATAC-seq数据更多的富集在基因的TSS区域而不基因组其他区域。通过检查这些TSS区域中心的开放水平,我们发现中心相对于两侧(两边的1900-2000 bp处)存在富集现象。因此,我们定义富集中心(TSS中心)相对于两侧区域的比值为TSS富集得分(TSS enrichment score)...
Nucleosome banding pattern(核小体条带模式):绘制片段大小(fragment sizes)的直方图(由配对末端测序读数确定)来展示核小体的条带模式。我们计算每个单细胞,并量化单核小体与无核小体片段(存储为nucleosome_signal)的近似比率。 Transcriptional start site (TSS) enrichment score(转录起始位点富集得分):ENCODE项目已根...
Peak Profile and ChIP Enrichment第3部分是peak的谱图和ChIP的富集,每个peak都集中在summit位置(summit 理解为peak的最高峰值点处) Figure 5. Plot of the average signal profile across peaks peak的性状取决于研究对象的类型,如转录因子、组蛋白标记、或其他DNA结合蛋白如聚合酶等,相同类型的对象通常有独特特征...
nucleosome_signal < 2 & TSS.enrichment > 1 ) pbmc 基因表达数据处理 我们可以使用 SCTransform 对基因表达数据进行标准化,并使用 PCA 降低维度。 DefaultAssay(pbmc) <- "RNA" pbmc <- SCTransform(pbmc) pbmc <- RunPCA(pbmc) DNA可及性数据处理 ...
对所有活性tss的信号取平均,可以发现tss集中在nucleosome-free区,而其侧翼序列则对应nucleosome signal: tss_enrich.jpg 不过ATAC检测的更多的还是nucleosome-free区域,所以二核小体、三核小体。。。的信号随之下降,这和MNase表现相反: In contrast, MNase-seq nucleosome signal increased at larger distances from the...