从这个图的C图可以看出,ATAC-seq signal的peak主要位于enhancer和promoter区域,通常也是转录因子和Polii结合的位置。 From: Chromatin accessibility profiling by ATAC-seq ChIP-seq的peak代表转录因子的结合峰 From: Identifying ChIP-seq enrichment using MACS发布...
The enrichment analysis showed that the genes related with up-regulated regions were enriched to interferon relevant pathways or anti-virus reactions. To visualize the corresponding chromatin regions, it showed that the intensity of ATAC-seq signal was significant...
DefaultAssay(pbmc) <- "ATAC" pbmc <- NucleosomeSignal(pbmc) pbmc <- TSSEnrichment(pbmc) 对象数据中变量之间的相互关系可以通过DensityScatter()函数来直观展示。此外,设置quantiles=TRUE选项,可以帮助我们迅速确定不同质量控制指标的适宜阈值。 DensityScatter(pbmc, x = 'nCount_ATAC', y = 'TSS.enrichment'...
ATAC-seq data analysis: from FASTQ to peaks 基本概念: ATAC-seq和ChIP-seq鉴定出来的peak到底是一些什么区域?除了promotoer就是enhancer TSS enrichment和motif是两个不同的套路,TSS是特指启动区域,每个基因只有一个;另一个就是motif,这就是抓出TF,哪些TF在发挥作用 分析套路 鉴定差异peak 两组数据比较 多组...
优势:使用细胞数较少;使用ATAC-seq识别全基因组上的开放染色质区域,在调控区域识别核小体结合和核小体游离位置,寻找全基因组范围内蛋白质可结合位点的信息,寻找不知道的特定转录因子;使用“footprint”推断dna结合蛋白在b细胞系中的位置。 ChIP-seq:一种针对DNA结合蛋白,组蛋白修饰或核小体的全基因组分析技术。根...
从上图中我们可以看出，结合ENCODE的CAGE数据（mRNA cap mapping)，发现在两个tss之间有一个单核小体峰。和MNase相比较ATAC-seq明显在调控区分辨核小体的表现更好。对所有活性tss的信号取平均，可以发现tss集中在nucleosome-free区，而其侧翼序列则对应nucleosome signal:不过ATAC检测的更多的还是nucleosome-...
Signac是Seurat的一个扩展功能R包,可以用来分析、解释和探索单细胞染色质数据集。目前,Signac包主要专注于分析单细胞ATAC-seq数据,之后还会添加其他基于染色质调控的单细胞测序数据分析的新功能。 Signac包主要支持以下功能: 单细胞数据质控指标的计算 数据降维、可视化和细胞聚类 ...
单细胞ATAC-seq的分析并非仅停留在表面，而是深入到生物学过程的核心。比如，片段比例的增加可能暗示细胞状态的变化，如死亡或线粒体污染。通过Seurat等工具，我们处理数据，运用如NucleosomeSignal和TSSEnrichment等函数，揭示基因表达的动态调控网络。在预处理阶段，我们采用标准化和选择高变基因等策略，通过PCA...
ArchR主要以scATAC-seq原始数据经上游处理后的两种常见输出文件(BAM, fragment)作为输入。Fragment文件记录着scATAC-seq的fragment以及对应的细胞ID,每一行都是一条记录,该文件需要是tabix(见注1)排序并建立索引保证能被高效读取。BAM文件则是二进制格式下的tabix排序文件,记录着scATAC-seq的fragment、原始数据、细胞条形码...
theScgb1a1gene is located on chromosome 19 (mm10 chr19:9,083,636–9,087,958), this chromosome-specific enrichment of differential peaks was unexpected. To better understand the concentration of signal in these two loci, we carried out variant calling on the ATAC-seq data and identified 5909...