最终的 snATAC-seq 文库在 27,034 个细胞核中总共包含 214,890 个独特的峰值区域(peak),覆盖了肾皮质内的所有主要细胞类型。 3. 整合snRNA-seq和snATAC-seq分析,预测和验证染色质可及性细胞类型分配 对snRNA-seq数据进行注释,通过标签转移锚定的方法,来预测snATAC-seq的细胞类型。对snATAC-seq数据集细胞类型,...
为了更准确估计sNucATAC-seq与批量ATAC-seq数据集之间分辨率的增益,并评估sNucATAC-seq技术揭示染色质可及性的离散变化的潜力,我们首先比较了从拟南芥根部细胞核中生成的sNucATAC-seq和批量ATAC-seq谱图在一个位置上(chr1: 21,067,500-21,103,000)的差异(Tannenbaum等人,2018年)。在这21个簇中,我们可以清晰地识...
同样,作者对snATAC-seq数据进行了样本间整合和聚类分析,注释细胞类群的marker基因与snRNA-seq一致,最终鉴定到了8个主要的细胞类型,与snRNA-seq数据中除了肥大细胞和脂肪细胞外的其余细胞类型保持一致(图1f和图1g)。这证实了在snRNA-seq和snATAC-seq大多数样本中以上8个主要细胞类型的存在,以及他们之间细胞组分的高度...
1、ATAC-seq+RNA-seq: 一般,RNA-seq会优先于ATAC-seq先测,得到表达差异基因后,可以通过ATAC-seq来做motif分析,寻找是谁调控了目的基因,然后再进行后续的实验验证。 另一个思路是,看ATAC-seq测到的染色质开放DNA区域,对应的转录本表达量是否也有增加,这样...
基于此,剑桥大学血液学系Ana Cvejic教授团队应用scRNA-seq和scATAC-seq技术对来自胚胎肝脏和骨髓的8,000多个免疫表型HSPCs进行综合分析,探索人类发育过程中造血功能的调节机制。该项工作以“Integrative single-cell RNA-seq and ATAC-seq an...
3. 整合snRNA-seq和snATAC-seq分析,预测和验证染色质可及性细胞类型分配 对snRNA-seq数据进行注释,通过标签转移锚定的方法,来预测snATAC-seq的细胞类型。对snATAC-seq数据集细胞类型,根据97%置信阈值进行筛选,以去除异型双重数据。snATAC-seq的基础聚类注释能够检测到近曲小管簇中的两个亚群,分别是PCT(近曲小管)...
ATAC-seq 是结合高通量测序技术的靶向开放染色质的研究方法,其原理是利用将Tn5 转座酶捕获的序列进行测序来推断染色质区域的可及性。 ,时长01:37 ATAC-seq 动画(有声版) 动画视频也可前往B站观看哦! B站链接: https://www.bilibili.com/video/BV1wy4y1b76...
ATAC-seq,全称Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughout sequencing,即转座酶可接近染色质测序,是一种创新的表观遗传学研究技术。ATAC-seq的核心技术酶--转座酶Tn5可以把DNA序列进行随机打断,将测序接头直接插入到开放...
ATAC-seq 研究染色质的可及性,即某个时间点同时进行转录的 DNA 区域。这部分区域的染色质 DNA 被打开,因此可以被 DNA 聚合酶、转录因子、转录调控因子所识别、调控。上期着重给大家介绍 ATA-seq 的基本知识以及我们丰富的物种经验,具体可参考《这些年,我们一直追的 ATAC!》。本期...
网址:https://yiweiniu.github.io/blog/2019/03/ATAC-seq-data-analysis-from-FASTQ-to-peaks/ 1.ATAC-seq概览 ATAC-seq(转座酶可及染色质高通量测序)是一种用于测定全基因组范围内染色质可及性的方法。它利用一种高活性的Tn5转座酶将测序接头...