最终的 snATAC-seq 文库在 27,034 个细胞核中总共包含 214,890 个独特的峰值区域(peak),覆盖了肾皮质内的所有主要细胞类型。 3. 整合snRNA-seq和snATAC-seq分析,预测和验证染色质可及性细胞类型分配 对snRNA-seq数据进行注释,通过标签转移锚定的方法,来预测snATAC-seq的细胞类型。对snATAC-seq数据集细胞类型,...
为了更准确估计sNucATAC-seq与批量ATAC-seq数据集之间分辨率的增益,并评估sNucATAC-seq技术揭示染色质可及性的离散变化的潜力,我们首先比较了从拟南芥根部细胞核中生成的sNucATAC-seq和批量ATAC-seq谱图在一个位置上(chr1: 21,067,500-21,103,000)的差异(Tannenbaum等人,2018年)。在这21个簇中,我们可以清晰地识...
同样,作者对snATAC-seq数据进行了样本间整合和聚类分析,注释细胞类群的marker基因与snRNA-seq一致,最终鉴定到了8个主要的细胞类型,与snRNA-seq数据中除了肥大细胞和脂肪细胞外的其余细胞类型保持一致(图1f和图1g)。这证实了在snRNA-seq和snATAC-seq大多数样本中以上8个主要细胞类型的存在,以及他们之间细胞组分的高度...
基于此,剑桥大学血液学系Ana Cvejic教授团队应用scRNA-seq和scATAC-seq技术对来自胚胎肝脏和骨髓的8,000多个免疫表型HSPCs进行综合分析,探索人类发育过程中造血功能的调节机制。该项工作以“Integrative single-cell RNA-seq and ATAC-seq an...
ATAC-seq,全称Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughout sequencing,即转座酶可接近染色质测序,是一种创新的表观遗传学研究技术。ATAC-seq的核心技术酶--转座酶Tn5可以把DNA序列进行随机打断,将测序接头直接插入到开放...
3. 整合snRNA-seq和snATAC-seq分析,预测和验证染色质可及性细胞类型分配 对snRNA-seq数据进行注释,通过标签转移锚定的方法,来预测snATAC-seq的细胞类型。对snATAC-seq数据集细胞类型,根据97%置信阈值进行筛选,以去除异型双重数据。snATAC-seq的基础聚类注释能够检测到近曲小管簇中的两个亚群,分别是PCT(近曲小管)...
ATAC-seq,全称Assay forTransposase-AccessibleChromatin with high throughput sequencing,是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用来研究染色质可及性(通常也理解为染色质的开放性)的方法。 ATAC-seq的原理是啥 要理解这项技术...
ATAC-seq的全称是Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing,是一种基于DNA转座酶的结合高通量测序技术,对染色体(质)开放性进行研究的一种创新性技术。 染色质其实本质上是DNA与蛋白质结合,也就是核小体的多重紧密螺旋压缩而成。而DNA...
作者的目的是确定儿童T细胞白血病细胞受阻的发育阶段,并根据ATAC-Seq确定白血病发生机制。人健康T细胞的7个发育阶段的染色质可及性图谱显示,在T细胞成熟过程中染色质逐渐凝聚。2823个特征性染色质区域区分发育阶段的准确性为95%。SAE1周围的开放染色质被鉴定为最能区分...
ATAC-seq 是结合高通量测序技术的靶向开放染色质的研究方法,其原理是利用将Tn5 转座酶捕获的序列进行测序来推断染色质区域的可及性。 ,时长01:37 ATAC-seq 动画(有声版) 动画视频也可前往B站观看哦! B站链接: https://www.bilibili.com/video/BV1wy4y1b76...