TSS富集得分的背后思想是,由于大蛋白复合体会结合在启动子区域,ATAC-seq数据更多的富集在基因的TSS区域而不基因组其他区域。通过检查这些TSS区域中心的开放水平,我们发现中心相对于两侧(两边的1900-2000 bp处)存在富集现象。因此,我们定义富集中心(TSS中心)相对于两侧区域的比值为TSS富集得分(TSS enrichment score)...
pbmc <- TSSEnrichment(pbmc) 对象数据中变量之间的相互关系可以通过DensityScatter()函数来直观展示。此外,设置quantiles=TRUE选项,可以帮助我们迅速确定不同质量控制指标的适宜阈值。 DensityScatter(pbmc, x = 'nCount_ATAC', y = 'TSS.enrichment', log_x = TRUE, quantiles = TRUE) VlnPlot( object = pbmc...
除了promotoer就是enhancer TSS enrichment和motif是两个不同的套路,TSS是特指启动区域,每个基因只有一个;另一个就是motif,这就是抓出TF,哪些TF在发挥作用 分析套路 鉴定差异peak 两组数据比较 多组数据比较 - peak cluster 处理细节: Peak calling was performed using MACS2 from all sample reads. 多样本这样...
TSS富集得分的背后思想是,由于大蛋白复合体会结合在启动子区域,ATAC-seq数据更多的富集在基因的TSS区域而不基因组其他区域。通过检查这些TSS区域中心的开放水平,我们发现中心相对于两侧(两边的1900-2000 bp处)存在富集现象。因此,我们定义富集中心(TSS中心)相对于两侧区域的比值为TSS富集得分(TSS enrichment score) 传统...
. We also excluded transcripts with a tag of “readthrough_transcript” or “PAR”. These filters were similar to the filtering strategy used by the 10× single-cell ATAC-seq pipeline [104]. The TSS enrichment score for each cell was calculated using the TSSEnrichment function in the ...
9.计算tss 常规的做法是提取TSS两侧区域的reads, 比如上下游各提取2kb的区域,划分等长窗口bin统计每个窗口内的coverage, 最终会生成一个矩阵,行为基因,列为不同窗口。根据这个矩阵可以绘制TSS两侧reads分布图, 也可以计算TSS Enrichment score。推荐使用deeptools。
TSS.enrichment > 1 ) pbmc 基因表达数据处理 我们可以使用 SCTransform 对基因表达数据进行标准化,并使用 PCA 降低维度。 DefaultAssay(pbmc) <- "RNA" pbmc <- SCTransform(pbmc) pbmc <- RunPCA(pbmc) DNA可及性数据处理 在这里,我们通过执行潜在语义索引 ( LSI ),以处理 scATAC-seq 数据集的相同方式处理...
对于转录起始TSS区域而言,对应的插入片段...的原理及应用,分为了以下几个部分 1.ATAC的实验方法ATAC通过tn5转座酶来富集开放染色质区域的DNA序列,经PCR扩增后进行NGS测序,实验流程如下图所示 相比DNase-seq 2020.11.16【读书笔记】丨ATAC-seq技术的功能基因组研究...
DefaultAssay(pbmc) <- "ATAC" pbmc <- NucleosomeSignal(pbmc) pbmc <- TSSEnrichment(pbmc) 对象数据中变量之间的相互关系可以通过 DensityScatter() 函数来直观展示。此外,设置 quantiles=TRUE 选项,可以帮助我们迅速确定不同质量控制指标的适宜阈值。 代码语言:javascript 复制 DensityScatter(pbmc, x = 'nCount...
现在,让我们调用getMarkerFeatures参数,并设置useMatrix="PeakMatrix". 此外,为了降低不同细胞组之间的数据质量对结果的影响,我们可以设置bias参数,其中bias = c("TSSEnrichment", "log10(nFrags)")就是用来避免TSS富集和每个细胞的fragment数对结果的影响。