DNase-seq和ATAC-seq技术都能够识别这一信息，在它的峰中会出现一个轻微的凹槽——也就是足迹（Footprint）。但由于ATAC-seq技术的限制（当转录因子结合DNA时，会阻止Tn5酶转座酶在该点上的切割，所以会形成一个保护区域，reads无法富集到中间的部分），凹槽的辨识度不高，难以用来做足迹分析，也就是TF与染色质的...
实测数据: Reads密度分布图 真菌菌丝Reads密度分布图 植物组织Reads密度分布图 Peak可视化 疫霉菌样本 水稻样本 ATAC 表观遗传学
为了检测OsNMCP1是否参与与染色质状态相关的基因表达调节，在正常和干旱条件下使用ATAC-seq和RNA-seq对OsNMCP1-OE-5和ZH11植物的根组织对进行了联合分析。与两种条件下的ZH11相比，TSS附近OsNMCP1-OE株系测序reads显著富集（图13a）。根据peak曲线图，在OsNMCP1-OE株系中，上调DARs的分布主要集中在相邻基因的TSS...
为了检测OsNMCP1是否参与与染色质状态相关的基因表达调节,在正常和干旱条件下使用ATAC-seq和RNA-seq对OsNMCP1-OE-5和ZH11植物的根组织对进行了联合分析。与两种条件下的ZH11相比,TSS附近OsNMCP1-OE株系测序reads显著富集(图13a)。根据peak曲线图,在OsNMCP1-OE株系中,上调DARs的分布主要集中在相邻基因的TSS周围,...
但由于ATAC-seq技术的限制(当转录因子结合DNA时,会阻止Tn5酶转座酶在该点上的切割,所以会形成一个保护区域,reads无法富集到中间的部分),凹槽的辨识度不高,难以用来做足迹分析,也就是TF与染色质的结合研究。 4.2 ATAC-seq技术的优点 1、转座酶方法可以将实验时间缩短至2-3小时,通过简单的酶促反应实现DNA片段化,...
图2 (A)基于ATAC-seq reads数的Pearson相关性聚类热图;(B)1-MCP不同处理下染色质的差异可及性区域(DAR)的火山图。FDR≤0.05且倍数变化≥1.2或≤0.8表示DAR显著。红色圆圈表示上调的DARs,蓝色圆圈表示下调的DARs;(C)不同处理的木瓜果实样品之间DARs在基因组区域(启动子、内含子、编码外显子和远端基因间区域)内...
但由于ATAC-seq技术的限制(当转录因子结合DNA时,会阻止Tn5酶转座酶在该点上的切割,所以会形成一个保护区域,reads无法富集到中间的部分),凹槽的辨识度不高,难以用来做足迹分析,也就是TF与染色质的结合研究。 4.2 ATAC-seq技术的优点 1、转座酶方法可以将实验时间缩短至2-3小时,通过简单的酶促反应实现DNA片段化,...
ATAC-seq是研究染色质构象的常用手段之一，其原理是通过Tn5转座酶在细胞核内的染色质DNA上进行随机转座，转座成功的DNA被加上测序用接头序列，通过PCR扩增、高通量测序和生物信息学分析，染色质开放区域会产生测序reads，而染色质紧缩区域则无测序reads产生：染色质开放程度越高，其测序信号越强。图 ATAC-seq概述（...
以CTCF为例,chip-seq的峰就是CTCF的结合区域,中部位置为CTCF的motif,但是我们发现在motif区域,ATAC和DNase中没有reads富集,富集的位置在两端。通过ATAC的趋势可以用来定位motif位置。那么大家就会疑惑了,为什么ATAC区域反而没有reads富集了呢?因为转录因子集合motif的过程中,实际上是无法结合Tn5转座酶的,换句话说他们在...
如果ChIP-Seq实验成功,DNA富集序列标签(蛋白质相互作用的序列)会在reads的双峰富集中产生显著的聚集。产生reads的双峰富集的原因如下:在ChIP-Seq实验中,DNA被片段化,蛋白质结合的片段会被免疫沉淀,所以产生了有蛋白质结合的DNA片段(fragments )。 DNA的正链从5'端开始被测序(如下图红色reads),DNA负链也从5’末端...