Hieff NGS® ATAC-Seq Library Prep Kit for Illumina®是针对Illumina®高通量测序平台研发的用于ATAC-Seq实验的文库构建试剂盒,适用于100-100,000个细胞起始量的样本建库。ATAC-Seq(Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing)技术能够利用Tn5 转座酶识别染色质开放区域,快速有效的...
library(clusterProfiler) go <- enrichGO(DB_ATAC$geneId, OrgDb = "org.Mm.eg.db", ont = "BP", maxGSSize = 5000) go[1:2, 1:6] go
最后,我们可以使用ggplot2绘制成对读取的每个 MapQ 分布。 library(ggplot2) toPlot <- data.frame(MapQ = c(names(read1MapQFreqs), names(read2MapQFreqs)), Frequency = c(read1MapQFreqs, read2MapQFreqs), Read = c(rep("Read1", length(read1MapQFreqs)), rep("Read2", length(read2MapQFreqs)...
最后,我们可以使用 ggplot2 绘制成对读取的每个 MapQ 分布。 library(ggplot2)toPlot<-data.frame(MapQ=c(names(read1MapQFreqs),names(read2MapQFreqs)),Frequency=c(read1MapQFreqs,read2MapQFreqs),Read=c(rep("Read1",length(read1MapQFreqs)),rep("Read2",length(read2MapQFreqs)))toPlot$MapQ<-fact...
由于我们有 TSS +/- 500bp 范围内的区域子集,此时我们可以使用标准富集分析。这里我们使用 clusterProfiler 来识别富集。 library(clusterProfiler)go<-enrichGO(DB_ATAC$geneId,OrgDb="org.Mm.eg.db",ont="BP",maxGSSize=5000)go[1:2,1:6] go 本文由mdnice...
library(Rsamtools)mappedReads<-idxstatsBam(sortedBAM) 我们现在可以使用映射的读取数据框来制作跨染色体读取的条形图。在这个例子中,我们看到了线粒体基因组映射率很高的情况。 代码语言:javascript 复制 library(ggplot2)ggplot(mappedReads,aes(seqnames,mapped,fill=seqnames))+geom_bar(stat="identity")+coord_...
library(ATACseqQC) ATACQC <- bamQC("~/Downloads/Sorted_ATAC_50K_2_ch17.bam") 生成的 ATACQC 对象具有许多 QC 信息,包括重复率、非冗余分数、跨染色体的信号分布、线粒体分数等。其中包括 PCRbottleneckCoefficient_1 和 PCRbottleneckCoefficient_2 值。
Library complexity measures计算结果如下,...nodup.pbc.qc文件格式为: TotalReadPairs DistinctReadPairs OneReadPair TwoReadPairs NRF=Distinct/Total PBC1=OnePair/Distinct PBC2=OnePair/TwoPair 针对NRF、PBC1、PBC2这几个指标,ENCODE官网提供了标准. ...
library(ChIPseeker) library(GenomicFeatures) txdb<- makeTxDbFromGFF(‘gene.gtf’)#生成txdb对象,如果研究物种没有已知的TxDb,可以用GenomicFeatures中的函数生成 peakfile <-readPeakFile(‘A1_peaks.narrowPeak’)#导入需要注释的peak文件 peakAnno <- annotatePeak(peakfile,tssRegion=c(-2000, 2000), TxDb=tx...
DBA_NORM_LIB ("lib") Normalize by library size only. Library sizes can be specified using the library parameter. Normalization factors will be calculated to give each equal weight in a manner appropriate for the analysis method. See also the libFun parameter, which can be used to scale the...