ATAC-seq可以得到实验时间点全基因组染色质的开放信息，RNA-seq可以得到同一时点的基因表达信息，将两个组学数据联合分析，可以获得该时间点下影响基因表达的上游调控区域，寻找到影响基因表达的潜在转录因子。另外ATAC-seq还可以与其它组学技术联用，例如ChIP-seq，或者三个以上的技术一起组合使用。6.5 绘制染色质开放...
研究技术:ATAC-seq、ChIP-seq、BS-seq、RNA-seq、Hi-C 主要内容: 通过ATAC-seq和ChIP-seq等技术手段鉴定了玉米穗部和雄穗发育过程中的开放染色质区域 (OCRs),并分析了这些区域周围的组蛋白修饰和DNA甲基化特征。利用RNA-seq数据集研究了穗部和雄穗中差异表达的基因,并探讨了这些基因的顺式和反式调控机制。通...
1、ATAC-seq发现MADS转录因子参与木瓜果实成熟。2、ATAC-seq和RNA-seq的联合分析显示CpAGL18和与生长素和乙烯相关的八个基因在果实成熟中可能具有重要作用。3、体内和体外试验表明，CpAGL18结合并激活CpACS1和CpSAUR32的表达，从而参与乙烯和生长素信号通路，并影响木瓜果实成熟过程的调控。文献案例二 题目：核纤层样...
为了检测OsNMCP1是否参与与染色质状态相关的基因表达调节,在正常和干旱条件下使用ATAC-seq和RNA-seq对OsNMCP1-OE-5和ZH11植物的根组织对进行了联合分析。与两种条件下的ZH11相比,TSS附近OsNMCP1-OE株系测序reads显著富集(图13a)。根据peak曲线图,在OsNMCP1-OE株系中,上调DARs的分布主要集中在相邻基因的TSS周围,...
4、ATAC-seq利用双端测序技术绘制核小体的定位和占用图谱。双端测序可以对DNA片段的两端进行测序,使基因组重复区域的reads比对更加准确。 5、ATAC-seq的重复性,比MNase-seq和DNase-seq的更强,操作起来也更加简便,而且只需要很少的细胞/组织量,同时测序信号更加好。
图2 (A)基于ATAC-seq reads数的Pearson相关性聚类热图;(B)1-MCP不同处理下染色质的差异可及性区域(DAR)的火山图。FDR≤0.05且倍数变化≥1.2或≤0.8表示DAR显著。红色圆圈表示上调的DARs,蓝色圆圈表示下调的DARs;(C)不同处理的木瓜果实样品之间DARs在基因组区域(启动子、内含子、编码外显子和远端基因间区域)内...
DNase-seq和ATAC-seq技术都能够识别这一信息,在它的峰中会出现一个轻微的凹槽——也就是足迹(Footprint)。但由于ATAC-seq技术的限制(当转录因子结合DNA时,会阻止Tn5酶转座酶在该点上的切割,所以会形成一个保护区域,reads无法富集到中间的部分),凹槽的辨识度不高,难以用来做足迹分析,也就是TF与染色质的结合研究...
atacReads_read1<-first(atacReads)insertSizes<-abs(elementMetadata(atacReads_read1)$isize)head(insertSizes) 7. 可视化 ATACseq 应该代表对应于无核小体、单核小体和多核小体部分的片段长度的混合。我们可以使用 table() 函数来检索每个片段长度出现的向量。
首先,使用浏览器(推荐chrome或者edge)打开ChIP-Seq富集峰注释页面。左侧为常见作图导航,中间为数据输入框和可选参数,右侧为描述和结果示例。也可以在搜索框中搜索peak,找到注释页面。 http://www.bioinformatics.com.cn/basic_chipseq_atacseq_peak_annotation_by_chipseeker_t017 ...
以CTCF为例,chip-seq的峰就是CTCF的结合区域,中部位置为CTCF的motif,但是我们发现在motif区域,ATAC和DNase中没有reads富集,富集的位置在两端。通过ATAC的趋势可以用来定位motif位置。那么大家就会疑惑了,为什么ATAC区域反而没有reads富集了呢?因为转录因子集合motif的过程中,实际上是无法结合Tn5转座酶的,换句话说他们在...