②https://training.galaxyproject.org/training-material/topics/epigenetics/tutorials/atac-seq/tutorial.html 这两个教程非常细致地讲解了从Raw data到ATAC-seq 的peak数据的分析流程,数据处理这部分就不多赘述了,不过这里要特别强调一下质控这步帮助大家理解: 上图我们可以看到,每一步分析(红色箭头)都涉及到质控,...
教程用到的数据,可以用getTutorialData进行下载,大约为0.5G。 inputFiles <- getTutorialData("Hematopoiesis") 当然这一步实际是在本地建立一个HemeFragments目录,并下载指定数据,因此如果网络太差,可以自己尝试下载。 mkdir HemeFragments && cd HemeFragments wget 'https://jeffgranja.s3.amazonaws.com/ArchR/Te...
②https://training.galaxyproject.org/training-material/topics/epigenetics/tutorials/atac-seq/tutorial.html 这两个教程非常细致地讲解了从Raw data到ATAC-seq 的peak数据的分析流程,数据处理这部分就不多赘述了,不过这里老熊要特别强调一下质控这步帮助大家...
http://www.regulatory-genomics.org/hint/introduction/ http://www.regulatory-genomics.org/hint/tutorial/ 在本教程中,将展示如何使用HINT-ATAC来比较活化的转录因子的足迹变化。使用在HINT-ATAC论文中提供的数据,对比两个树突细胞的footprint。从小鼠骨髓中提取并培养经典的树突细胞1型(cDC1)和浆细胞样树突细胞 ...
http://www.regulatory-genomics.org/hint/tutorial/ 在本教程中,将展示如何使用HINT-ATAC来比较活化的转录因子的足迹变化。使用在HINT-ATAC论文中提供的数据,对比两个树突细胞的footprint。从小鼠骨髓中提取并培养经典的树突细胞1型(cDC1)和浆细胞样树突细胞 (pDC),进行了Omni ATAC-seq实验(原始fastq文件:here)。
可以使用getTutorialData()函数下载Hematopoeisis教程数据。教程数据的大小大约为0.5 GB。 inputFiles <- getTutorialData("Hematopoiesis")inputFiles ## scATAC_BMMC_R1 ## “HemeFragments/scATAC_BMMC_R1.fragments.tsv.gz” ## scATAC_CD3...
J Granja et al., Single-cell multiomic analysis identifies regulatory programs in mixed-phenotype acute leukemia. Nat Biotechnol. 37, 12 (2019). https://support.10xgenomics.com/single-cell-atac/software/visualization/latest/tutorial
ATACseq_Tutorial3_Downstream.ipynb PULL_REQUEST_TEMPLATE.md README.md scATACseq_Tutorial4.ipynb Repository files navigation README Image adapted from https://doi.org/10.1038/s41596-022-00692-9 An open-source interactive pipeline tutorial for differential ATAC-seq footprint analysis INBRE Goog...
教程用到的数据,可以用getTutorialData进行下载,大约为0.5G。 inputFiles<-getTutorialData("Hematopoiesis") 当然这一步实际是在本地建立一个HemeFragments目录,并下载指定数据,因此如果网络太差,可以自己尝试下载。 mkdir HemeFragments && cd HemeFragments ...
Seurat包学习笔记(一):Guided Clustering Tutorial Seurat包学习笔记(二):Integration and Label Transfer Seurat包学习笔记(三):Analysis of spatial datasets Seurat包学习笔记(四):Using sctransform in Seurat Seurat包学习笔记(五):Using Seurat with multi-modal data ...