1、ATAC-seq+RNA-seq: 一般,RNA-seq会优先于ATAC-seq先测,得到表达差异基因后,可以通过ATAC-seq来做motif分析,寻找是谁调控了目的基因,然后再进行后续的实验验证。 另一个思路是,看ATAC-seq测到的染色质开放DNA区域,对应的转录本表达量是否也有增加,这样再做RNA-seq可以找到对应的转录本相关基因,对富集到的基因...
相比起来,ATAC-seq是用Tn5转座酶,操作起来也更加简单,重复性好,而且最重要的一点是实验只需要很少的细胞/组织量,出来的信号也更加漂亮,所以ATAC-seq目前已经是研究染色质开放性首选的技术方法。 根据这张图我们比较一下这几个技术,ATAC-seq出来的结果,和传统...
http://www.regulatory-genomics.org/hint/tutorial/ 在本教程中,将展示如何使用HINT-ATAC来比较活化的转录因子的足迹变化。使用在HINT-ATAC论文中提供的数据,对比两个树突细胞的footprint。从小鼠骨髓中提取并培养经典的树突细胞1型(cDC1)和浆细胞样树突细胞 (pDC),进行了Omni ATAC-seq实验(原始fastq文件:here)。
$ rgt-hint footprinting--atac-seq--paired-end--organism=mm9--output-location=(PATH)--output-prefix=cDC1 cDC1.bam cDC1_peaks.narrowPeak[total time:2h15m8s]#运行后会显示一共花费了多少时间,我的电脑是i7,8G内存 $ rgt-hint footprinting--atac-seq--paired-end--organism=mm9--output-location=(...
https://yiweiniu.github.io/blog/2019/03/ATAC-seq-data-analysis-from-FASTQ-to-peaks/A similar github page presenting an ATAC-seq pipeline https://galaxyproject.github.io/training-material/topics/epigenetics/tutorials/atac-seq/tutorial.html
Tutorial Three: In this section we will focus on differential peak identification, motif footprinting, and annotation of nearby genomic features. Workflow for sc-ATAC Sequencing (submodule 4). Tutorial Four: In this section we will demonstrate a single cell ATAC-Seq analysis workflow. GCP Architectu...
与单细胞RNA-seq一样,单细胞ATAC-seq也可以对相似的细胞类型和状态进行鉴定和聚类。不过,scATAC-seq数据所用的细胞类型注释方法略有不同。使用scATAC-seq进行细胞注释的最简单的方法是将开放启动子区域作为转录活性的信号。 利用细胞类型特异性的顺式调控元件进行注释 ...
Hemberg Lab scRNA-seq course materials Using Seurat (v1.2) for unsupervised clustering and biomarker discovery- 301 single cells across diverse tissues from (Pollen et al., Nature Biotechnology, 2014). Original tutorial using Seurat 1.2 Using Seurat (v1.2) for spatial inference in single-cell data...
这个学生不仅仅是分享了我推荐的3大R包,还包括一些单细胞ATAC-seq数据分析相关的R包。 Seurat包学习笔记 Seurat包学习笔记(一):Guided Clustering Tutorial Seurat包学习笔记(二):Integration and Label Transfer Seurat包学习笔记(三):Analysis of spatial datasets ...
与单细胞RNA-seq一样,单细胞ATAC-seq也可以对相似的细胞类型和状态进行鉴定和聚类。不过,scATAC-seq数据所用的细胞类型注释方法略有不同。使用scATAC-seq进行细胞注释的最简单的方法是将开放启动子区域作为转录活性的信号。 利用细胞类型特异性的顺式调控元件进行注释 ...