1、ATAC-seq+RNA-seq: 一般,RNA-seq会优先于ATAC-seq先测,得到表达差异基因后,可以通过ATAC-seq来做motif分析,寻找是谁调控了目的基因,然后再进行后续的实验验证。 另一个思路是,看ATAC-seq测到的染色质开放DNA区域,对应的转录本表达量是否也有增加,这样再做RNA-seq可以找到对应的转录本相关基因,对富集到的基因...
相比起来,ATAC-seq是用Tn5转座酶,操作起来也更加简单,重复性好,而且最重要的一点是实验只需要很少的细胞/组织量,出来的信号也更加漂亮,所以ATAC-seq目前已经是研究染色质开放性首选的技术方法。 根据这张图我们比较一下这几个技术,ATAC-seq出来的结果,和传统...
1.1 ATAC-seq术语介绍 "「fragment」"是ATAC-seq实验中的一个重要概念,它指的是通过Tn5转座酶对DNA分子进行酶切,然后经由双端测序得到的序列。 我们会根据Tn5插入导致的偏移从read比对得到的位置推断出「fragment」的起始和结束位置。根据之前的报道,Tn5转座酶以同源二聚体的形式结合到DNA上,在两个Tn5分子间隔着9...
http://www.regulatory-genomics.org/hint/tutorial/ 在本教程中,将展示如何使用HINT-ATAC来比较活化的转录因子的足迹变化。使用在HINT-ATAC论文中提供的数据,对比两个树突细胞的footprint。从小鼠骨髓中提取并培养经典的树突细胞1型(cDC1)和浆细胞样树突细胞 (pDC),进行了Omni ATAC-seq实验(原始fastq文件:here)。
http://www.regulatory-genomics.org/hint/tutorial/ 在本教程中,将展示如何使用HINT-ATAC来比较活化的转录因子的足迹变化。使用在HINT-ATAC论文中提供的数据,对比两个树突细胞的footprint。从小鼠骨髓中提取并培养经典的树突细胞1型(cDC1)和浆细胞样树突细胞 (pDC),进行了Omni ATAC-seq实验(原始fastq文件:here)。
这个学生不仅仅是分享了我推荐的3大R包,还包括一些单细胞ATAC-seq数据分析相关的R包。 Seurat包学习笔记 Seurat包学习笔记(一):Guided Clustering Tutorial Seurat包学习笔记(二):Integration and Label Transfer Seurat包学习笔记(三):Analysis of spatial datasets ...
ArchR主要以scATAC-seq原始数据经上游处理后的两种常见输出文件(BAM, fragment)作为输入。Fragment文件记录着scATAC-seq的fragment以及对应的细胞ID,每一行都是一条记录,该文件需要是tabix(见注1)排序并建立索引保证能被高效读取。BAM文件则是二进制格式下的tabix排序文件,记录着scATAC-seq的fragment、原始数据、细胞条形码...
ArchR是一个分析单细胞ATAC-seq数据的R包,功能很强大,但目前还处于测试阶段。ArchR是一个分析工具套件,整合了几乎所有可用软件中scATAC-seq的分析功能。ArchR提供一个直观的、更加复杂的单细胞分析流程,包括doublet 过滤,分群聚类和细胞类型识别、...
scATACseq_Tutorial4.ipynb Repository files navigation README Image adapted from https://doi.org/10.1038/s41596-022-00692-9 An open-source interactive pipeline tutorial for differential ATAC-seq footprint analysis INBRE Google Cloud Training Tutorials - ATAC-seq Overview Included here are several t...
通过ATAC-seq来定义细胞类型和状态 与单细胞RNA-seq一样,单细胞ATAC-seq也可以对相似的细胞类型和状态进行鉴定和聚类。不过,scATAC-seq数据所用的细胞类型注释方法略有不同。使用scATAC-seq进行细胞注释的最简单的方法是将开放启动子区域作为转录活性的信号。