第一种:在重复间取overlap,在这里认为peak之间重叠50%的碱基。 intersectBed -wo -a Pool.narrowPeak -b Rep1.narrowPeak|awk 'BEGIN{FS="\t";OFS="\t"}{s1=$3-$2;s2=$13-$12;if(($21/s1>=0.5)||($21/s2>=0.5)){print $0}}'|cut -f 1-10|sort|uniq|intersectBed -wo -a stdin -b...
另外用macs call peak后会有peak文件具体来说有些许不同,narrowPeak其实就是峰的bed格式的文件,可以直接用, summit_bed指的是峰的中心的那个点。 Ref:++BED 文件格式++ bw文件是用于方便可视化peak的文件,因为上游处理完的bam文件通常都较大,不方便于快速展示,而将其转变成bw(bigwig)或者wig就会方便的多,而big...
这样也可以自动安装 idr及其所有的 python 依赖项。不过这里小果要建议小伙伴们使用IDR时,在MACS2 callpeak的时候参数不要设置太严格哦,这样才能鉴定出更多的peak,并且使用IDR需要先对MACS2的结果文件narrowPeak根据-log10(p-value)进行排序。 下面是小果的代码: 下面可以直接使用idr 来处理重复样本。小果的代码是这...
--name Sorted_ATAC_50K_2_Small_Paired_peaks.narrowPeak -f BAMPE -g hs R with_CondaEnv("ATACseq_analysis",system2(command="macs2",args=c("callpeak","-t","~/Downloads/Sorted_ATAC_50K_2_openRegions.bam","--outdir","ATAC_Data/ATAC_Peaks/ATAC_50K_2","--name","Sorted_ATAC_50K...
narrow peak：即发生在DNA上特定的短序列，结合的区域很短。broad peak：这种类型的peak在DNA上呈弥 散...
ls ../peaks/*.narrowPeak |while read id; do file=$(basename $id ) sample=${file%%.*} echo $sample awk '{print $4"\t"$1"\t"$2"\t"$3"\t+"}' $id > ${sample}.homer_peaks.tmp nohup findMotifsGenome.pl ${sample}.homer_peaks.tmp mm10 ${sample}_motifDir -len 8,10,12...
peaks <- dir("~/Downloads/ATAC_Workshop/ATAC_Data/ATAC_Peaks_forCounting/", pattern = "*.narrowPeak", full.names = TRUE) myPeaks <- lapply(peaks, ChIPQC:::GetGRanges, simple = TRUE) allPeaksSet_nR <- reduce(unlist(GRangesList(myPeaks))) ...
用上面的软件进行peak calling后会生成bedGraph文件,也就是.bdg后缀的文件,是bed文件的一种扩展,可以在IGV基因组浏览器中打开(可能会比较卡),也可以借助UCSC的工具bedGraphToBigWig转成BigWig文件后(.bw后缀)再到IGV基因组浏览器中打开。还有一个重要的结果文件是.narrowPeak后缀的文件,也可以直接导入IGV。
Peak-calling需要经历多个步骤,包括去除线粒体基因组和PCR重复等。Genich是新推出的软件,优点在于只需一行命令便可完成去除线粒体reads,PCR重复,多重mapping reads以及多生物学重复的处理,输出结果为ENCODE narrowPeak format。另外发现,这一软件calling速度较快. ...
首先生成narrowPeak_sample.txt文件,方便后续循环处理,生成文件内容如下: nohup cat narrowPeak_sample.txt |whilereadiddoarr=(${id}) Rep1=${arr[0]}Rep2=${arr[1]}sample=${Rep1%%.*}_${Rep2%%.*}_idr idr --samples$Rep1$Rep2--input-file-type narrowPeak -o$sample--plotdone& ...