ATAC-seq的数据分析主要是检测信号峰值,就是peaks,不同样品的peaks的差异主要是两个思路,使用韦恩图展现有无peaks的差异,另外就是使用散点图展现高低强弱的peaks差异。 现在是2021了,有了很多成熟的软件算法可以做peaks的差异分析,不过偶尔忆苦思甜也是有必要的ATAC-seq经典差异分析,让我们一起看看距离2013年的ATAC-se...
ATAC-seq分析:Annotating Peaks(9) 1. 注释开放区域 将已识别的无核小体区域与基因组特征(如基因和增强子)相关联通常很有趣。 一旦注释到基因或增强子的基因,我们就可以开始将 ATACseq 数据与这些基因的特征相关联。(功能注释、表达变化、其他表观遗传状态)。 2. 基因注释 将无核小体区域注释到基因的一种简单...
4. 注释无核小体区域 有了这些信息,我们就可以将我们的 peaks/nuc 自由区域子集化为那些只在 TSS 区域着陆的区域 (+/- 500)。 MacsGR_Anno <- as.GRanges(MacsCalls_Anno) MacsGR_TSS <- MacsGR_Anno[abs(MacsGR_Anno$distanceToTSS) < 500] MacsGR_TSS[1, ] 5. 无核小体区域功能分析 ATACseq ...
Chip-seq与ATAC-seq 的 peaks 有着明显的区别,前者peaks是代表抗体结合转录因子的位点,后者peaks是代表Tn5转座酶切开染色质开放区的两端,因此在一个位置,前者peaks有一个,后者有两个。 在应用上的区别 ATAC-Seq是可以检测到全基因组的DNA结合蛋白,转录结合位点 ,一般用于不知道特定的转录因子,用此方法与其他方法结...
使用DiffBind 进行ATAC-seq peaks差异分析 DiffBind是基于peak的差异分析包,peaks由其他peak caller软件生成,如MACS2、HOMER.一个peak可能表示一个染色质开放区域、蛋白质结合位点等。call出来的peak是包含它的染色体、开始和结束位置信息的,然后可以通过bam文件根绝位置信息获取在peak上的read数量。进一步通过DESeq2或...
Chip-seq与ATAC-seq 的 peaks 有着明显的区别,前者peaks是代表抗体结合转录因子的位点,后者peaks是代表Tn5转座酶切开染色质开放区的两端,因此在一个位置,前者peaks有一个,后者有两个。 在应用上的区别 ATAC-Seq是可以检测到全基因组的DNA结合蛋白,转录结合位点 ,一般用于不知道特定的转录因子,用此方法与其他方法结...
①https://yiweiniu.github.io/blog/2019/03/ATAC-seq-data-analysis-from-FASTQ-to-peaks/ ②https://training.galaxyproject.org/training-material/topics/epigenetics/tutorials/atac-seq/tutorial.html 这两个教程非常细致地讲解了从Raw data到ATAC-seq ...
IDR(Irreproducibility Discovery Rate)是指不可重现的发现率,用于测量生物学重复中的可重现性。ATAC-seq分析中是通过比较一对经过排序的regions/peaks的列表,然后计算反映其重复性的值。因此通过IDR分析结果得到的Peak即是可信度更高的Peak。康测建议每组样品设置2个及...
对每个区域进行ATAC-seq peaks检测。首先比较了多个大脑区域之间共有的可重复peaks基因组特征分布。发现区域特异性peaks通常分布基因间或内含子区域。同时,更保守的ATAC peaks倾向于在启动子中富集。在所有共有peaks中,只有7.4%在所有6个区域开放。这些peaks中的大多数(58.99%)都在TSS的±1kb范围内,表明在不同大脑区域...
在介绍ATAC-seq之前,不得不提的就是染色质可及性的概念。大家知道,真核生物的DNA会与组蛋白结合形成核小体,核小体进一步压缩折叠形成具有高级结构的染色体,染色体的高级结构在细胞周期的不同的时期压缩折叠程度不同,间期比较松散,此时的状态被称为染色质,用于和中期高度压缩的染色体进行区分。 研究者发现DNA内切酶可...