message("Number of peaks: ",nrow(atac_esca)) ## Number of peaks: 127055 # pan-cancer peak setatac_pan <- readr::read_tsv("Data/TCGA-ATAC_PanCancer_PeakSet.txt")head(atac_pan) ## # A tibble: 6 x 7 ## seqnames start end name score annotation percentGC ## ## 1 chr1 906012 ...
ATAC-Seq能从全基因组范围内推测可能的转录因子,还能通过比较不同时间的染色质开放区域解答发育问题。 分析ATAC-Seq从本质上来看和分析ChIP-Seq没啥区别,都是peak-calling,也就是从比对得到BAM文件中找出reads覆盖区,也就是peaks峰。peaks: 峰。用来表示染色质的开放程度,因为是测序的reads落在了染色质的开放区,堆...
# ATAC-seq典型的片段长度分布,在100bp和200bp处会有峰,该峰分别是nucleosome-free与mono-nucleosome(核小体单体的)片段。 5.3Typical peak annotation 分布 Typical peak annotation pie chart shows that more than half of the peaks fall into enhancer regions (distal intergenic and intronic regions), and ...
步骤s4.1,idr分析以及处理组一致性peak的获得:atac-seq要求提供≥2个生物学重复的样本,需要针对各个生物学重复样本检测出的peak进行idr分析,得到各处理组内重复样本间存在重叠的共有peak(commonpeaks)。进一步地,将idr分析得到的idr值<0.05归类为高度一致的共有peak(commonfilterpeaks),一致性peaks统计结果如表2所示。
数据的表现,与DNase-seq和FAIRE-seq进行比较: performance.jpg 不仅不同技术的可重复性好,不同批次ATAC-seq实验之间相关性也很高。另外作者还检验了不同细胞数的ROC曲线以及peaks recovery rate。 而且Tn5几乎是没有序列结合偏好性的:也就是在基因组上的insertion没有序列偏好 ...
ATAC-seq建库简单只需两步：转座+PCR，相比DNase-seq和FAIRE-seq的流程简单且回避了额外加接头纯化、解交联的损失。数据的表现，与DNase-seq和FAIRE-seq进行比较：不仅不同技术的可重复性好，不同批次ATAC-seq实验之间相关性也很高。另外作者还检验了不同细胞数的ROC曲线以及peaks recovery rate。而且Tn5...
A main advantage of KAS-ATAC-seq lies in its precise measurement of ssDNA levels within both proximal and distal ATAC-seq peaks, enabling the identification of transcriptional regulatory sequences. This feature is particularly adept at defining Single-Stranded Transcribing Enhancers (SSTEs). SSTEs ...
Calling Peaks 是 ATAC-seq 数据分析中最基本的过程之一。因为每个细胞的 scATAC-seq 数据只有开放和不开放两种状态,所以我们不能在单个细胞的基础上进行 peak 的鉴定。因此,在之前的章节中对细胞进行了降维聚类分群,还创建了拟生物学重复,使我们能够评估 peak 的可重复性。
数据的表现,与DNase-seq和FAIRE-seq进行比较: performance.jpg 不仅不同技术的可重复性好,不同批次ATAC-seq实验之间相关性也很高。另外作者还检验了不同细胞数的ROC曲线以及peaks recovery rate。 而且Tn5几乎是没有序列结合偏好性的:也就是在基因组上的insertion没有序列偏好 ...
7.根据权利要求1所述的一种ATAC-seq测序数据的生物信息分析方法,其特征在于:所述步骤S6中各处理组间共有和特有peak分析,具体包括:首先,通过韦恩图分析得到不同比较组之间特有和共有的peaks;接着,对应比较组间共有或特有的peak,进行peak相关基因的分析以及peak相关基因的GO和KO富集分析;最后,对于某个处理组特有的...