ATAC-seq分析中是通过比较一对经过排序的regions/peaks的列表,然后计算反映其重复性的值。因此通过IDR分析结果得到的Peak即是可信度更高的Peak。康测建议每组样品设置2个及以上的生物学重复。 文章推荐Peak Calling软件:MACS2/HOMER/HMMRATAC 康测科技Peak Calling软件:...
message("Number of peaks: ",nrow(atac_esca)) ## Number of peaks: 127055 # pan-cancer peak setatac_pan <- readr::read_tsv("Data/TCGA-ATAC_PanCancer_PeakSet.txt")head(atac_pan) ## # A tibble: 6 x 7 ## seqnames start end name score annotation percentGC ## ## 1 chr1 906012 ...
概述了使用Cicero的单细胞ATAC-Seq分析工作流程。 Cicero可以执行两种主要类型的分析: 构建和分析顺式调节网络。Cicero通过分析共可及性来确定假定的顺式调控相互作用,并使用各种技术来可视化和分析; 一般单细胞染色质可及性分析。Cicero还扩展了软件包Monocle 允许使用单细胞染色质可及性数据识别差异可及性、聚类、可视...
ATAC-seq的数据分析主要是检测信号峰值,就是peaks,不同样品的peaks的差异主要是两个思路,使用韦恩图展现有无peaks的差异,另外就是使用散点图展现高低强弱的peaks差异。 现在是2021了,有了很多成熟的软件算法可以做peaks的差异分析,不过偶尔忆苦思甜也是有必要的ATAC-seq经典差异分析,让我们一起看看距离2013年的ATAC-se...
sample sheet是一个列表,需要包括以下几列:"SampleID", "Tissue", "Factor", "Condition" ,"Treatment","Replicate", "bamReads" ,"ControlID" ,"bamControl" ,"Peaks"和"PeakCaller"。 这个列表可以是dataframe,或者是从csv文件读取,比如: NOTE:我的样品是ATAC-seq的,所以这里factor不是很重要,如果用ChIP...
IDR(Irreproducibility Discovery Rate)是指不可重现的发现率,用于测量生物学重复中的可重现性。ATAC-seq分析中是通过比较一对经过排序的regions/peaks的列表,然后计算反映其重复性的值。因此通过IDR分析结果得到的Peak即是可信度更高的Peak。康测建议每组样品设置2个及以上的生物学重复。
Peaks位点关联基因等GO功能富集分析、KEGG Pathway分析 个性化高级分析 按客户需求提供个性化高级分析服务,产出高质量Figures,助力发表国际顶级期刊。 样本和周期 常量细胞送样要求常量实验要求细胞数≥50000个,要求新鲜的悬浮细胞或贴壁细胞,由我们提供全套建库所需试剂ATAC-seq Kit,由客户当天即可完成实验和建库过程,所得...
ATAC-seq,全称Assay forTransposase-AccessibleChromatin with high throughput sequencing,是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用来研究染色质可及性(通常也理解为染色质的开放性)的方法。 ATAC-seq的原理是啥 要理解这项技术...
使用DiffBind包提取ATAC-seq数据中的差异peaks主要包括以下几个步骤：1.准备输入数据：首先，需要准备ATAC-seq数据，这通常是peak调用软件（如MACS2）产生的peak文件。对于多个样本，你需要为每个样本准备一个peak文件。2.创建样本表：在DiffBind中，你需要创建一个样本表（通常是CSV或者Excel格式），包含样本...
ATAC-seq分析:Annotating Peaks(9) 1. 注释开放区域 将已识别的无核小体区域与基因组特征(如基因和增强子)相关联通常很有趣。 一旦注释到基因或增强子的基因,我们就可以开始将 ATACseq 数据与这些基因的特征相关联。 (功能注释、表达变化、其他表观遗传状态)。