ATAC-seq全称：Assay for Targeting Accessible-Chromatin with high-throughout sequencing 一句话概括：高...
从这个图的C图可以看出,ATAC-seq signal的peak主要位于enhancer和promoter区域,通常也是转录因子和Polii结合的位置。 From: Chromatin accessibility profiling by ATAC-seq ChIP-seq的peak代表转录因子的结合峰…
ATAC seq说到底是检测染色质开放区域的，通过Tn5 切割DNA 然后建库测序达到这个目的，因为Tn5不会切割单...
1、Q:chip-seq、cut&tag分析中中peak是什么意思? A:ChIP-seq(cut&tag)分析中peak指的是特定蛋白质(如转录因子或组蛋白修饰)在基因组上富集的区域,这些蛋白质富集的区域被称为peak,这些peak可能位于基因的启动子区域或者基因区域。 2、Q:chip-seq、cut&tag等分析中IP组和Input组分别代表什么,后续是如何分析的?
峰发现: 使用MACS 2.1.0,将双端测序中的两个reads用于peak calling。 片段密度的确定: 为了鉴定基因组的转座事件的密度,将基因组分为32 bp的条带,并确定每个条带中的片段数。为此,将reads扩展到200 bp以使数据平滑。 通过随机采样对所有样本的比对reads数进行归一化,以使每一个样本包含所有样本中比对reads数最...
ChIP-seq在开展实验以前我们已经有已知确定的转录因子,我们通过ChIP-seq来筛选这个转录因子相互作用的基因组DNA。而ATAC-seq不涉及已知的转录因子,我们是捕获全部基因组上的开放区域,这些开放区域里含有很多转录因子的结合位点,我们需要通过peak峰处的motif来确定可能有哪些转录因子与这些部位相互作用。
然后对回帖到基因组上的reads进行计数，并创建具有碱基对分辨率的信号峰值（peak峰）。
第二十一节课:chipseq下游的motif富集 不同处理直接的峰值overlap韦恩图 差异paek寻找 peak注释 以cell文章为例超级增强子寻找 第二十二节课:Atacpseq全流程分析包括MappingQC、多个重复样本合并、Peakcalling、bedGraphToBigWig、TSS Enrichment、bedtools计算overlap、IDR评估、可视化。
Peak calling不一定是针对ATAC-seq，只要数据形式形如bed或bam等genome track文件。稍微处理一下就可以用专业的工具进行。峰的意义根据你的现实实验而定，比如，在ATAC中，峰实际上是你抓到的通常来说在特定实验条件下开放性比较高的序列片段（insert fragment）；就形式而言，峰指的是序列中击中数/分值显著高于其他...
位于两个相邻核小体之间的序列，称之为nucleosome-free fragments, 简称NRF。这部分序列的peak可以用来...