Sorted_ATAC_50K_2_Small_Paired_peaks.narrowPeak_summits.bed peaks QC peaks鉴定出来后,需要看一下peaks结果的质量,如 low quality, duplicates and signal distribution,使用的R包为ChIPQC。 关于blacklists的概念见:https://rockefelleruniversity.github.io/RU_ChIPseq/presentations/slides/ChIPseq_In_Bioconductor...
差异peaks分析 目前还没有专门为ATAC-seq开发的差异Peak分析软件。差异Peak分析首先通过寻找候选区域(共有Peak或根据bin划分的基因组),然后进行标准化,再对落在这些区域里的片段进行计数,最后在相同坐标内与其它处理条件的样本进行统计学比...
1. 注释开放区域 将已识别的无核小体区域与基因组特征(如基因和增强子)相关联通常很有趣。 一旦注释到基因或增强子的基因,我们就可以开始将 ATACseq 数据与这些基因的特征相关联。(功能注释、表达变化、其他表观遗传状态)。 2. 基因注释 将无核小体区域注释到基因的一种简单方法是将区域与其最近的基因或在基因...
ATAC-seq分析中是通过比较一对经过排序的regions/peaks的列表,然后计算反映其重复性的值。因此通过IDR分析结果得到的Peak即是可信度更高的Peak。康测建议每组样品设置2个及以上的生物学重复。 文章推荐Peak Calling软件:MACS2/HOMER/HMMRATAC 康测科技Peak Calling软件:...
现在ATAC-seq主流的call peak软件依然是MACS2。 蛋白或转录因子结合位点附近会有reads富集,MACS2根据一定的统计模型,扫描全基因组,构建双峰模型,结合对照(background)来检测富集片段中真正的结合位点。MACS2可以鉴定Chip-seq中两种主要类型的富集模式: 组蛋白修饰的broad peaks或者broad domains 转录因子结合的narrow ...
b. The number of peaks within an IDR peak file should be >70,000, though values >50,000 ...
对每个区域进行ATAC-seq peaks检测。首先比较了多个大脑区域之间共有的可重复peaks基因组特征分布。发现区域特异性peaks通常分布基因间或内含子区域。同时,更保守的ATAC peaks倾向于在启动子中富集。在所有共有peaks中,只有7.4%在所有6个区域开放。这些peaks中的大多数(58.99%)都在TSS的±1kb范围内,表明在不同大脑区域...
ref: ATAC-seq分析实操生信技能树健明教程 Peak 对应的基因注释 这个一般将bed输入Great网站做就好,不同于传统的费舍尔精确检验,功能富集分析的p值是基于二项分布的计算得到的。需要注意的是,你输入的peak最好是有名字的,就是说,bed文件需要加一列名字列,不然的话,就难以找到基因与peak的对应关系。你还需要注意...
ATAC-seq信息分析流程主要分为以下几个部分:数据质控、序列比对、峰检测、motif分析、峰注释、富集分析,下面将对各部分内容进行展开讲解。 下机数据经过过滤去除接头含量过高或低质量的reads,得到clean reads用于后续分析。常见的trim软件有Trimmomatic、Skewer、fastp等。fastp是一款比较新的软件,使用时可以用--adapter_se...