https://github.com/jmzeng1314/NGS-pipeline/blob/master/CHIPseq/step7-peaks2sequence.R ##usage: Rscript peakView.R peaks.bed IP.sorted.bam input.sorted.bam 10#options(echo=TRUE) # if you want see commands in output fileargs<-commandArgs(trailingOnly=TRUE)if(length(args)!=1){print(" usa...
1. 注释开放区域 将已识别的无核小体区域与基因组特征(如基因和增强子)相关联通常很有趣。 一旦注释到基因或增强子的基因,我们就可以开始将 ATACseq 数据与这些基因的特征相关联。(功能注释、表达变化、其他表观遗传状态)。 2. 基因注释 将无核小体区域注释到基因的一种简单方法是将区域与其最近的基因或在基因...
在ATAC-seq组学中,peak是指在基因组中某一位置或区域,测序信号(开放信号)达到最大值的现象。这种现...
上游的预处理部分与 RNA-seq 的差不多,可以参考我之前的文章:https://yuanj.top/posts/z6q5z7s5/ 版本信息 成都理工大学超算平台 Red Hat 4.8.5-36 conda 4.10.3 R 4.4.0 测序数据来自 NCBI:PRJNA1080287 参考基因组和注释文件来自 Ensembl Plants 物种:Oryza sativa Japonica 一些名词解释 peaks:峰。常用...
IDR(Irreproducibility Discovery Rate)是指不可重现的发现率,用于测量生物学重复中的可重现性。ATAC-seq分析中是通过比较一对经过排序的regions/peaks的列表,然后计算反映其重复性的值。因此通过IDR分析结果得到的Peak即是可信度更高的Peak。康测建议每组样品设置2个及...
(4) peaks注释:个人理解为寻找ChIP peaks所对应的靶基因。 (5) 下游分析:pathway富集分析、寻找motif、结合其他组学数据. DNase-seq 原理:DNase-seq使用了限制性内切酶(DNase I)对样品进行了处理。在染色质压缩区域,DNA链被致密结构很好地保护起来,使得内切酶无法接近,只能切割开放区域的DNA。同样的,在开放区域,缠绕...
ref: ATAC-seq分析实操生信技能树健明教程 Peak 对应的基因注释 这个一般将bed输入Great网站做就好,不同于传统的费舍尔精确检验,功能富集分析的p值是基于二项分布的计算得到的。需要注意的是,你输入的peak最好是有名字的,就是说,bed文件需要加一列名字列,不然的话,就难以找到基因与peak的对应关系。你还需要注意...
nrToCount <- allPeaksSet_nR[!allPeaksSet_nR %over% blklist & !seqnames(allPeaksSet_nR) %in% "chrM"] nrToCount nrToCount 2. 差异计数 我们现在确定出现非冗余峰的样本数量。在这里,我们将 rowSums() 函数与我们的出现矩阵一起使用,并选择出现在至少 2 个样本中的那些样本。
idr --samples 2-cell-1_peaks.narrowPeak 2-cell-2_peaks.narrowPeak --plot 第七步,deeptools的可视化 具体见:https://mp.weixin.qq.com/s/a4qAcKE1DoukpLVV_ybobA在ChiP-seq 讲解。 首先把bam文件转为bw文件,详情:http://www.bio-info-trainee.com/1815.html ...