ATAC-Seq技术利用Tn5转座酶仅切割未被结合蛋白保护dqDNA区域,被用来检测染色质结构的动态变化,ATAC-Seq和ChIP-Seq可以整合使用,以探索蛋白质调控基因表达的机制,从而可能识别由转录启动调控因子引起的转录差异,提供基因表达调控的统一视图
ChIP 测序,也称为 ChIP-seq,是一种对特定组蛋白修饰、DNA 修饰或 TF 的位置进行检测的全基因组分析技术。ChIP-seq 将染色质免疫沉淀(ChIP) 与大规模并行的 DNA 测序相结合,以鉴定 DNA 相关蛋白的结合位点。如下图所示,蓝色的线表示DNA,ChIP-seq即使用针对特定DNA结合蛋白或组蛋白修饰的抗体来鉴定基因组中的结...
ChIP-Seq是揭示特定转录因子或蛋白复合物的结合区域,实际是研究DNA和蛋白质的相互作用,利用抗体将蛋白质和DNA一起富集,并对富集到的DNA进行测序。DNase-Seq、ATAC-Seq、DNase-Seq、FAIRE-Seq都是用来研究全基因组范围内检测染色质的开放程度,一般不知道对应的转录因子。DNase-Seq是用的DNase I内切酶识别开放染色质区...
ATACseq, MNaseseq and DNaseseq DNaseseq- 酶消化以从转录因子结合位点周围的开放染色质中提取信号。MN...
ATAC-Seq和Chip-Seq都是对特定基因组区域进行的测序方法,在分析流程上有很大的相似性,因此在这一节同时介绍一下两者的分析方法。 分析流程.png Tips:这里先介绍一下上游的分析流程,在数据的质控和比对方面所有组学均大同小异。 2.1 指控与过滤:trim_galore ...
(1) 染色质免疫共沉淀测序技术(ChIP-Seq) 染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),是研究体内蛋白质与DNA相互作用的经典方法。将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术,可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定,为研究的深入开展打下基础。
ATAC-seq出来的结果,和传统方法出来的结果具有很强的一致性,同时也和基于组蛋白修饰marker的ChIP-seq有较高的吻合程度。也就是说,ATAC-seq中的peak,往往是启动子、增强子序列,以及一些反式调控因子结合的位点。 相比起来,ATAC-seq的重复性,比MNase-seq和DNase-seq的更强,操作起来也更加简单,而且只需要很少的细胞...
ChIP-seq ChIP全称:染色质免疫共沉淀(Chromatin immunoprecipitation ,ChIP),seq表示测序。 原理:首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地将目的蛋白及其结合的DNA片段一起拉下来,并对DNA进行纯化与文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。再将获得的数百万条序列精确定位到基因组上,从而获得全基因组范围...
然而,CHIP-seq有一些局限性:聚合酶链式反应存在偏差;聚合酶链式反应扩增的长度有限;裂解和测序过程中的GC偏差;由于免疫沉淀过程的大量损失需要105∼107个细胞;以及由于甲醛交联过程而可能导致的隐蔽表位。甲醛可以将转录因子与DNA交联,保持它们在体内的结合状态,但它也可能掩盖转录因子的抗原表位,产生假阳性结果。这种甲...
ChIP-Seq是一种技术，其核心原理是首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异地富集目标蛋白结合的DNA片段，随后进行纯化与文库构建。这一过程之后，对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万序列定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。ChIP-...