Chip-seq是实验前明确有一个感兴趣的转录因子,根据目标转录因子设计抗体去做Chip-seq实验拉DNA,验证感兴趣的转录因子是否与DNA存在相互作用;而ATAC-Seq一般用于不知道特定的转录因子,是在全基因组范围内检测染色质的开放程度,可以得到全基因组范围内的蛋白质可能结合的位点信息,用这个技术方法与其他方法结合是想去筛感...
ATAC-Seq技术利用Tn5转座酶仅切割未被结合蛋白保护dqDNA区域,被用来检测染色质结构的动态变化,ATAC-Seq和ChIP-Seq可以整合使用,以探索蛋白质调控基因表达的机制,从而可能识别由转录启动调控因子引起的转录差异,提供基因表达调控的统一视图
ChIP 测序,也称为 ChIP-seq,是一种对特定组蛋白修饰、DNA 修饰或 TF 的位置进行检测的全基因组分析技术。ChIP-seq 将染色质免疫沉淀(ChIP) 与大规模并行的 DNA 测序相结合,以鉴定 DNA 相关蛋白的结合位点。如下图所示,蓝色的线表示DNA,ChIP-seq即使用针对特定DNA结合蛋白或组蛋白修饰的抗体来鉴定基因组中的结...
ChIP-Seq是揭示特定转录因子或蛋白复合物的结合区域,实际是研究DNA和蛋白质的相互作用,利用抗体将蛋白质和DNA一起富集,并对富集到的DNA进行测序。DNase-Seq、ATAC-Seq、DNase-Seq、FAIRE-Seq都是用来研究全基因组范围内检测染色质的开放程度,一般不知道对应的转录因子。DNase-Seq是用的DNase I内切酶识别开放染色质区...
1. ATAC-seq和ChIPseq原理介绍 ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing)是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用于研究染色质可及性(通常也理解为染色质的开放性)的方法, 原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性,然后对Tn5酶捕...
1. 简介 ATACseq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing) 使用转座酶在测序前有效...
Chip-seq是实验前明确有一个感兴趣的转录因子,根据目标转录因子设计抗体去做Chip-seq实验拉DNA,验证感兴趣的转录因子是否与DNA存在相互作用;而ATAC-Seq一般用于不知道特定的转录因子,是…
macs2是一种寻找reads特异性富集区域的方法,即寻找蛋白质富集区域(Chip-Seq),染色质开放区域(ATAC-Seq),在鉴定peak富集模式时,有broad domains和narrow peaks两种模式。(具体原理参考官网,有空可以写一篇文章) # 根据使用的方法选择是否对片段进行延伸,细节注意看官网 ...
DNA与蛋白质互作(ChIP):提供组蛋白修饰、转录因子结合等抗体富集、建库测序、数据分析全流程服务。 具有细胞,动、植物组织,微生物(弓形虫、烟粉虱等)等不同样本富集建库经验。 转座酶可接近核染色质(ATAC-seq):可对细胞和组织样品,通过Tn5转座酶分析染色质可趋近性。
ATAC-seq出来的结果,和传统方法出来的结果具有很强的一致性,同时也和基于组蛋白修饰marker的ChIP-seq有较高的吻合程度。也就是说,ATAC-seq中的peak,往往是启动子、增强子序列,以及一些反式调控因子结合的位点。 相比起来,ATAC-seq的重复性,比MNase-seq和DNase-seq的更强,操作起来也更加简单,而且只需要很少的细胞...