分享| ATAC-Seq 分析流程 ATAC-Seq 是“Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput Sequencing”的缩写。 ATAC-Seq 方法依赖于使用高活性转座酶 Tn5 的下一代测序(NGS)文库的构建。将 NGS 接头连接到转座酶上,该转座酶可以使染色质断裂并同时将这些接头整合到开放的染色质区域中。构建的文库...
# 去除低质量序列。创建trim.sh,后台运行,输出重定向到 /dev/null,错误输出到log #!/bin/bash cat config.raw |while read id; do echo $id arr=($id) fq2=${arr[2]} fq1=${arr[1]} sample=${arr[0]} trim_galore -q 6 --phred33 --length 35 -e 0.1 --stringency 4 --paired -o ...
只要将携带已知 DNA 序列标签的转座复合物(即带红色和蓝色序列标签的 Tn5 转座酶)加入到细胞核中一起孵育,再利用已知序列标签进行 PCR 扩增即可形成文库,经过测序就可以获得染色质开放区的信息。 ATAC-seq 实验流程 一般来说包括以下几个步骤: 细胞核制备 片段化及 DNA 提取 PCR 扩增 文库纯化 高通量测序 数据分...
ATAC-seq经典分析流程(上) 之前挖过一篇NC的文章,我们利用ATAC-seq和RNA-seq联合分析的手段筛选了与所关注性状的密切相关的基因。后来,通过还做了一系列的分子实验,结果发现这两种手段联合分析筛选出来的基因具有很强的功能。所以,这里我想和大家分享一下我们之前的分析过程,以供初学者在分析中有所参考! 下面我们步...
ATAC-seq作为一种高效的表观遗传学研究工具,其实验流程却非常简单,其中包括: (1)细胞裂解与染色质释放: 首先,将细胞在特定的缓冲液中裂解,以释放染色质。这个过程通常需要使用盐和其他化学物质来维持染色质的完整性。 (2)利用转座酶切割染色质: 在裂解液中加入转座酶(如Tn5转座酶)。转座酶能够识别并切割DNA上未...
ATAC-Seq和Chip-Seq都是对特定基因组区域进行的测序方法,在分析流程上有很大的相似性,因此在这一节同时介绍一下两者的分析方法。 分析流程.png Tips:这里先介绍一下上游的分析流程,在数据的质控和比对方面所有组学均大同小异。 2.1 指控与过滤:trim_galore ...
本次讲解如何在分析中使用GDC ATAC-seq数据。 欲了解更多有关数据的信息,请访问gdc出版物网站 这是为一个同学做的课件,主要是提供思路。从GDC下载ATAC-seq癌症特异性高峰并导入R.之后,进行食管腺癌(ESAD)与食管鳞状细胞癌(ESCC)的分析,并将结果可视化为火山图和热图。
ATAC-seq信息分析流程主要分为以下几个部分:数据质控、序列比对、峰检测、motif分析、峰注释、富集分析,下面将对各部分内容进行展开讲解。 一、测序数据过滤与质量评估 下机数据经过过滤去除接头含量过高或低质量的reads,得到clean reads用于后续分析。常见的trim软件有Trimmomatic、Skewer、fastp等。fastp是一款比较新的软...
ATAC-seq分析流程 ATAC-seq预分析 ATAC-seq分析的第一步是预分析,主要包括三个部分:1. 测序原始数据质控;2. 序列比对(Mapping);3. 比对后处理和质控。 01 测序原始数据质控 对ATAC-seq的测序原始数据质控和序列比对的流程与其它二代测序数据标准分析流程基本相同,...
ChIP的流程大致如下，简单分为 第一步： 使用甲醛和大批量 DNA 进行交联。 也就是保证蛋白质和DNA...