7.30ul ddH2O溶解回收纯化产物,取3ul进行凝胶电泳检测(加入等体积的1/3甘油作为Loading Buffer,避免loading本身颜色对影响带的观察),其余放到-20度中保存。 关于ATAC-Seq实验计数的认识:个人认为,ATAC-Seq相对先前的染色质状态检测技术来说,减少了实验步骤,节约了实验时间,更易于好操作,分析也可以套用ChIP-Seq的数据...
主要研究结论:1、组装了高质量三带黑豹蠕虫参考基因组(950 Mb);2、分析尾部再生不同时间节点ATAC-seq数据,共鉴定到~18,000个差异染色质开放区域(adjusted p < 0.05, Wald test);3、差异染色质开放区的motif分析发现,早期生长应答(early growth response, EGR)因子的结合位点在整个再生过程中的动态变化最为显著:...
缠绕核小体 DNA 约 147bp 与相邻核小体连接的 DNA 约 20-90bp. 加上测序接头等约 135bp 长度会达到 200bp 左右,因此最后文库片段长度可能是 200-1000bp 左右,并且主要的部分在 600bp 一下,但 ATACseq 建库片段分布可能因为样本类型、细胞数量、处理过程等有关,也许文库片段分布有所差异。 文库质控 原始fas...
图 ATAC-seq概述（Buenrostro et al., 2015）。服务流程 服务流程 客户在线下单——订单/实验材料确认——材料准备——制备细胞悬液——裂解细胞膜——获取细胞核——TN5酶切——DNA片段回收——PCR扩增建库——高通量测序——数据分析——结果交付 服务内容及说明 服务内容及说明 适用范围 1、发育过程中染色质构...
建库流程 Vazyme Trueprep建库流程 ATAC-seq ATAC-seq也即Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing,是利用转座酶探究可接近性染色质高通量测序技术。 染色质开放性 染色质分为常染色质和异染色质,在结构上常染色质折叠压缩程度低,处于伸展状态,DNA复制,基因转录都发生在DNA的致密高级...
ATAC-seq建库时只需转座子末端核心序列，转座酶能将其插入基因组内并连接至DNA。相较于传统建库方法，ATAC-seq建库简化多步骤反应为1步反应，大大缩短了建库时间，提高了工作效率。10X genomics的scATAC-seq建库过程中，具体流程细节未详述。相关研究文献来源：1. Goryshin, I.Y. and W.S. Reznikoff...
ATAC-seq 建库实验流程: ➣(1)裂胞 裂解细胞,制取细胞核,常用的基础细胞裂解液,适用于人源、鼠源的细胞系。对于其他细胞系的裂解,可以在此基础上添加相应的成分。 参考细胞裂解液 1,适用于部分人源、鼠源细胞系:10mM Tris-HCl (pH7.4), 10mM NaCl, 3mMMgCl2, 0.1% NP40, 0.1% Tween 20, 0.01% Digit...
二、操作流程 图1 ATAC-seq试剂盒原理 ATAC-seq技术是通过转座酶识别开放染色质,转座时将转座子两端的接头序列Adapter 1和Adapter 2插入靶DNA的两端,形成一端带有Adapter 1,一端带有Adapter 2的DNA,之后利用DNA聚合酶将转座形成的切口补齐。这种产物经N5 (N5XX)和N7 (N7XX)引物扩增,产物经纯化和分选后即为可...
ATAC-Seq的原理 细菌转座酶Tn5在二代测序的建库中已有广泛应用,借助二聚体Tn5独特的“标记”功能,可以切割双链DNA并将得到的DNA末端连接到特定的接头上。ATAC-Seq也是利用Tn5转座酶技术,转座酶可以结合到染色质的开放区域并进行切割打断,而螺旋缠绕的部分不会受到转座酶的影响。把这些被切割打断后的DNA收集在一起进...
对ATAC-seq的测序原始数据质控和序列比对的流程与其它二代测序数据标准分析流程基本相同,比如可以选择FastQC软件来可视化碱基质量得分、GC含量、序列长度分布、序列重复水平、k-mer比例是否过高以及引物二聚体和接头自连情况等。 ATAC-seq文库一般采用的是Illumina Nextera...