##fastq-dump fastq-dump sra/SRR2927015.sra --gzip :输出文件以gz格式压缩 --split-3 :输入文件为双端测序文件 -A :输出文件名 -O :输出目录 $ cat config.sra 2-ceLL-1 SRR2927015 2-ce11-2 SRR2927016 2-ce11-5 SRR3545580 2-ce11-4 SRR2927018 ##循环处理 cat config.sra | while read i...
ATAC-seq数据可在 athttps://gdc.cancer.gov/about-data/publications/ATACseq-AWG下载 4.1 理解峰值 主要有两种类型的ATAC-seq计数矩阵,原始矩阵和归一化矩阵,主要包括两组峰值: “癌症类型特异性峰值集”,包含在单个癌症类型中观察到的所有可重复峰。在至少两个样本中观察到了这些峰值,其数值为百万分。>=5>=5...
#nohup prefetch--option-fileacc_List.txt --output-directory /home/data/vip10t01/LX/atac 【这种是单线程下载,并行还是要用循环】这种下载每个文件会对应单独的文件夹,为方便分析,需要将所有的.SRA放在同一文件夹中foriin`catacc_list.txt`;doprefetch ${i} --output-directory ~/LX/atac/ &donewaitfind...
mkdir -p ~/project/atac/tss cd ~/project/atac/tss source activate atac computeMatrix reference-point --referencePoint TSS -p 15 \ -b 10000 -a 10000 \ -R /home/kaoku/refer/mm10/ucsc.refseq.bed \ -S /home/kaoku/project/atac/align/*.bw \ --skipZeros -o matrix1_test_TSS.gz \ ...
本次教程正如题目所言(《ATAC-seq实战教程:从SRA数据下载到高分辨率论文主图绘制》)是一个实战教程。我将以一篇真实的科研论文为例,从软件安装,原始数据在SRA数据库下载开始,直到高分辨率论文主图绘制为止。我将把每一个步骤都仔细认真的记录下来(包括代码,代码注释,以及运行截图),保证每一个看过此教程的小伙伴都...
atac=adata.to_adata() adata.close() atac.obs['cell_type'] = obs.loc[atac.obs.index]['C_scANVI'] refine the cell type labels at the leiden cluster level, and save the result. 根据leiden cluster手动注释细胞类型 代码语言:javascript 复制 from collections import Counter cell_type_labels =...
首先，我们要分析拟南芥干细胞和叶肉细胞的ATAC-seq数据，为了保证环境一致性，我们将在独立的conda环境atac_test中操作。对于新手，我会特别强调软件安装的便捷工具，例如使用“软件管家”。环境创建和数据下载是基础，我们将在Windows上利用Linux子系统进行，具体如下：创建并激活环境：conda create -n atac...
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常量实验要求细胞数≥50000个,要求新鲜的悬浮细胞或贴壁细胞,由我们提供全套建库所需试剂ATAC-seq Kit,由客户当天即可完成实验和建库过程,所得到的DNA文库-20℃冻存,干冰运输。 微量细胞送样要求 微量实验要求细胞数≥80个。要求新鲜的悬浮细胞或贴壁细胞,由我们提供全套建库所需试剂ATAC-seq Kit,由客户当天即可完...
ATAC-seq全称Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,即利用转座酶研究染色质可进入性的高通量测序技术。 DNA转座,是一种把DNA序列从染色体的一个区域搬运到另外一个区域的现象,由DNA转座酶来实现。这种转座插入DNA,也是需要插入位点的染色质是开放的,否则就会被一大坨高级结构给卡住...