从GDC下载ATAC-seq癌症特异性高峰并导入R.之后,进行食管腺癌(ESAD)与食管鳞状细胞癌(ESCC)的分析,并将结果可视化为火山图和热图。 1.3目标和目的 下载并理解ATAC-seq数据 比较两组不同的样本ATAC-seq数据 3 导入R包 # to read txt files library(readr) # to transform data into GenomicRanges library(GenomicR...
repos="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/") library(devtools) source("https://bioconductor.org/biocLite.R") options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") BiocInstaller::biocLite(c('airway','DESeq2','edgeR','limma')) BiocInstaller::biocLite(c('ChIP...
1.4 call peaks注意 ATAC-Seq关心的是在哪切断,断点才是peak的中心,所以使用shift模型,--shift -75或-100 1.5 peaks相关 DiffBind:一个R包,基于DESeq2、edgeR方法鉴定样本间的差异peak 注释:Y叔的ChIPseeker 包 motif分析:Homer,Meme等在线工具 2 分析流程软件 sra-tools fastqc,multiqc,trim_galore 参考基因组及...
#nohup prefetch--option-fileacc_List.txt --output-directory /home/data/vip10t01/LX/atac 【这种是单线程下载,并行还是要用循环】这种下载每个文件会对应单独的文件夹,为方便分析,需要将所有的.SRA放在同一文件夹中foriin`catacc_list.txt`;doprefetch ${i} --output-directory ~/LX/atac/ &donewaitfind...
ATAC-Seq实操 2597播放 超级增强子也能做生信?新晋国自然热点不容错过!联合甲基化,常规预后模型思路轻松上5分+!快来复现吧/SCI论文/科研/研究生/生信分析热点思路 787播放 第五讲——ATAC-seq和CUT&Tag原理与分析 3297播放 翻译| Juicebox Assembly Tools教程 5505播放 1:57:40 ATAC-Seq原理与分析 要改变世界...
课程在钉钉群,由武汉菲沙基因公司的专业工程师授课,内容如下,ATAC-Seq和CUT&Tag(ChIP-Seq)这类基础分析都有涉及: 线上直播课程设置以分析流程理论与实操结合,先学习分析流程的原理,再在讲师实操演示下进行操作,一个操作一小讲,多名助教小群内手把手线上指导。
ATAC-seq实操 本实操完全学习了:给学徒的ATAC-seq数据实战(附上收费视频) 的代码及流程,首先致谢! | 数据来源的文章: The landscape of accessible chromatin in mammalian preimplantation embryos. Nature 2016 Jun 30;534(7609):652-7. PMID: 27309802...
简单合并scRNA-seq和scATAC-seq 代码语言:javascript 复制 adata = snap.read_dataset("PBMC.h5ads") gene activity matrix 代码语言:javascript 复制 query = snap.pp.make_gene_matrix(adata, gff_file=gff_file) query.obs_names = adata.obs_names scRNA-seq数据 从网站下载的已经注释好的单细胞转录组h5...
首先，我们要分析拟南芥干细胞和叶肉细胞的ATAC-seq数据，为了保证环境一致性，我们将在独立的conda环境atac_test中操作。对于新手，我会特别强调软件安装的便捷工具，例如使用“软件管家”。环境创建和数据下载是基础，我们将在Windows上利用Linux子系统进行，具体如下：创建并激活环境：conda create -n atac...
1.chip_seq 2.DNase_seq 3.ATAC_seq 该数据库最大的亮点在于提供了一个标准化的分析结果模板, 整个分析结果包含了下图所示的3大内容 Visualization, 提供了对应的物种,转录因子名称,文献等注释信息,以及常规的QC指标和基因组浏览器的可视化结果 Data, 提供了bed,bigwig格式的peak calling结果,以及BETA软件预测的pe...