从GDC下载ATAC-seq癌症特异性高峰并导入R.之后,进行食管腺癌(ESAD)与食管鳞状细胞癌(ESCC)的分析,并将结果可视化为火山图和热图。 1.3目标和目的 下载并理解ATAC-seq数据 比较两组不同的样本ATAC-seq数据 3 导入R包 # to read txt files library(readr) # to transform data into GenomicRanges library(GenomicR...
4 转化为fastq ##fastq-dump fastq-dump sra/SRR2927015.sra --gzip :输出文件以gz格式压缩 --split-3 :输入文件为双端测序文件 -A :输出文件名 -O :输出目录 $ cat config.sra 2-ceLL-1 SRR2927015 2-ce11-2 SRR2927016 2-ce11-5 SRR3545580 2-ce11-4 SRR2927018 ##循环处理 cat config.sra ...
axis(side=1, at=seq(0, max(d$V1)), labels=seq(0, max(d$V1))); dev.off()
随着高通量测序技术的进步,已经开发了各种方法来研究染色质可及性(染色质开放状态,开放或者不开放),如ATAC-seq、DNase-seq和FAIRE-seq。自从2013以来,ATAC-seq 成为最普遍的方法,主要原因是由于ATAC-seq技术操作较为简单省时,并且其敏感性和特异性与DNase-seq相当,但优于FAIRE-seq,而且该技术需要的细胞量较少(图...
2022年的最后一天,让我们继续ATAC-Seq的学习! 1 计算插入片段长度 非冗余非线粒体能够比对的fragment、比对率、NRF、PBC1、PBC2、peak数、无核小体区NFR、TSS富集、FRiP 、IDR重复的一致性 根据bam文件第9列,在R里面统计绘图 samtools view 2-ce11-2.last.bam | cut -f 9 >1.txt ...
ATAC-seq实操 本实操完全学习了:给学徒的ATAC-seq数据实战(附上收费视频) 的代码及流程,首先致谢! | 数据来源的文章: The landscape of accessible chromatin in mammalian preimplantation embryos. Nature 2016 Jun 30;534(7609):652-7. PMID: 27309802...
简单合并scRNA-seq和scATAC-seq 代码语言:Python 复制 adata = snap.read_dataset("PBMC.h5ads") gene activity matrix 代码语言:Python 复制 query = snap.pp.make_gene_matrix(adata, gff_file=gff_file) query.obs_names = adata.obs_names scRNA-seq数据 从网站下载的已经注释好的h5ad文件作为reference 代...
宅家快乐源泉创建的收藏夹超级增强子内容:ATAC-Seq实操,如果您对当前收藏夹内容感兴趣点击“收藏”可转入个人收藏夹方便浏览
简单合并scRNA-seq和scATAC-seq adata = snap.read_dataset("PBMC.h5ads") gene activity matrix query = snap.pp.make_gene_matrix(adata, gff_file=gff_file) query.obs_names = adata.obs_names scRNA-seq数据 从网站下载的已经注释好的单细胞转录组h5ad文件作为reference ...
代码里面提到的软件,都是根据我们对ATAC-seq搜索学习总结的。 值得一提的是自己为了ATAC-seq建立的软件环境可以很方便移植到另外一台电脑! 首先通过activate target_env要分享的环境target_env,然后输入下面的命令会在当前工作目录下生成一个environment.yml文件, ...