ATAC-seq技术在植物科学研究领域的应用日益广泛,为理解植物基因组的三维结构、染色质的开放性以及基因表达的调控机制提供了强有力的工具。通过上述文献集锦,我们可以看到ATAC-seq在不同植物物种中的应用涵盖了从模式植物到农作物,从园艺植物到药用植物的多个方面。这些研究不仅揭示了植物在不同生物学过程和环境条件下染色...
RNA-seq分析表明,L1和L2中高表达的基因与细胞分裂和分化有关,而L3中高表达的基因富集在光合作用中。因此,研究者选择L1和L3,通过整合ATAC-seq和RNA-seq,鉴定了735个差异表达基因(DEGs),这些基因的启动子区域中染色质可及性发生了变化,其中包括87个转录因子(TFs),如ABI3VP1、AP-EREBP、MYB、NAC和GRF。通过基序...
往期推文我们给大家介绍了《植物ATAC-seq文献集锦(一)——基因组篇》,本期我们聚焦ATAC-seq技术在植物生长发育方向的应用案例。 案例一:Systematic identification of wheat spike developmental regulators by integated multi-omics, transcriptional network, GWAS, and genetic analyes 中文标题:利用多组学、转录网络...
无障碍 关怀版 登录 加载中... 00:00/00:00 评论 还没有人评论过,快来抢首评 发布 易基因:ATAC-seq 技术文献分享 深圳易基因科技 发布于:广东省 2024.10.23 11:52 +1 首赞 收藏 ATAC-seq 技术文献分享 推荐视频 已经到底了 热门视频 已经到底了 ...
· 植物ATAC-seq文献集锦(一)——基因组篇 · 植物ATAC-seq文献集锦(二)——生长发育篇 文献一:Identification and functional characterization of conserved cis-regulatory elements responsible for early fruit development in cucurbit crops 中文标题:瓜类作物果实早期发育保守顺式调控元件的鉴定与功能表征 发表时间:...
近年来，ATAC-seq技术在植物研究中的应用得到了广泛的关注和应用，研究者们使用该技术分析了不同植物物种的基因组结构和功能。以下几篇文献分别展示了ATAC-seq技术在植物研究中的应用和发现。文献一：通过综合分析水稻的3D基因组、表观基因组和转录组，研究发现，在不同的光照条件下，与昼夜节律相关的基因...
本月最新发表了许多利用细胞RNA+ATAC测序技术的研究成果,小编这里速递相关领域的高分和经典研究。 文献一 标题:单细胞多组学揭示人胎盘细胞图谱 文章题目:Spatial multiomic landscape of the human placenta at molecular resolution 发表期刊:Nature Medicine 涉及组学:snRNA-seq、scATACseq、RNA-seq...
正如正文开头概述里提到的,ATAC-seq实现了 factor occupancy, nucleosome positions in regulatory sites, and chromatin accessibility genome wide的整合分析,而且大大减少了对细胞起始量的要求,这将使得该项技术能够应用到更为广泛的生物学研究中。 参考文献 ...
01 文献概述 绘制了来自410个肿瘤样本横跨23种癌症类型的796个全基因组染色质可及性图谱; 在这些癌症类型中共发现了562,709个DNA调控元件; 整合ATAC-seq与TCGA其他的多组学数据,鉴定肿瘤特异的DNA调控元件 通过TF足迹分析找到了关键的TF, 然后通过预测TF和DNA的相互作用模式以及基因的表达识别不同的TF活性; ...
单细胞多组学测序的最新进展,如单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞转座酶可及染色质测序(scATAC-seq),现在使我们能够在单细胞分辨率下探索肿瘤间和肿瘤内的异质性、细胞发育、细胞图谱、神经科学的奥秘,为深入了解疾病机制和开发诊疗策略提供了新的视角。本月最新发表了许多利用细胞RNA+ATAC测序技术的研究成果,小编这里...