项目文章 | ATAC-seq和RNA-seq揭示棉花纤维伸长过程中的关键基因 2023年7月5日,郑州大学/中国农业科学院棉花研究所李付广研究团队在Physiologia Plantarum上发表题为“Characterization of chromatin accessibility and gene expression reveal the key genes involved in cotton fiber elongation”的文章,通过染色质可及性和...
染色质可及性(Chromatin Accessibility)是染色质的一种特性,为转录因子结合靶基因提供了空间。转座酶可及染色质测序分析(ATAC-seq)是常见的研究染色质可及性的方法,ATAC-seq联合RNA-seq是一种新的研究思路,为阐述基因组和特定生物过程中的基因差异表达提供见解。然而,做完ATAC-seq仅仅是发一篇测序类的文章吗?ATAC-s...
染色质可及性(Chromatin Accessibility)是染色质的一种特性,为转录因子结合靶基因提供了空间。转座酶可及染色质测序分析(ATAC-seq)是常见的研究染色质可及性的方法,ATAC-seq联合RNA-seq是一种新的研究思路,为阐述基因组和特定生物过程中的基因差异表达提供见解。然而,做完ATAC-seq仅仅是发一篇测序类的文章吗?ATAC-s...
本篇文章的研究中,作者合理地设计了一个可以诱导细胞核中DNA相分离的小分子(Ru1)。利用Ru1的DNA“光开关”效应,可以在原位清楚地观察到DNA相分离。有趣的是,Ru1诱导和成像的DNA相分离的形态学模式与文献报道的一致。作者发现Ru1主要通过RNA-seq...
近年来,ATAC-seq技术成为研究基因表观组学的新利器,在Cell、Nature等顶级期刊发表了多篇高分文章。这些研究主要通过ATAC-seq来研究表观遗传学调控,包括信号通路、细胞发育、疾病发生等,同时结合motif分析来识别哪些转录因子参与基因表达调控。 表1 ATAC-seq发表的部分高分文章 ...
ATAC-seq基于高通量测序进行染色质开放性研究,是时下表观研究领域*热门的技术之一。而单细胞ATAC-seq技术在此基础上加以精进,实现在单细胞层面染色质可接近性的探索。具体的技术要点可点击单细胞 ATAC强强联手查看,本文以两篇Cell文章分享单细胞ATAC-seq的应用及研究进展。
从第一篇文章开始，讲讲ATAC-seq能干啥？这是第一篇提出ATAC-seq概念的文章，在之前也有人从事过类似的研究，不过名词都是chromatin accessibility或者open chromatin，这篇文章2013年发表在Nature Methods上，IF=25.32，已经被多次引用。首先我们来看看，ATAC-seq是什么意思？本文的说法：Assay for Transposase ...
文章小结 老年性黄斑变性(AMD)是老年人视力下降的重要原因。表观遗传改变在多大程度上调节AMD的进展尚不清楚。该研究使用ATAC-Seq对AMD患者和对照组的视网膜和视网膜色素上皮细胞(RPE)的染色质可及性进行了全局性分析。染色质可及性的整体下降发生在早期AMD的RPE和晚期疾病的视网膜中,这表明RPE的功能障碍导致疾病的发...
助力发表过多篇物种内首篇ATAC-seq文章。优势二 数据高标准交付优势三 组织样本使用illumina原厂Tn5酶优势四 积累5年超过5000多例项目的冷冻组织提核实践，涉及干细胞、软骨，神经元、胎盘，各种昆虫等高难度样本类型。优势五 ATAC-seq motif分析，ATAC-seq与RNA-seq联合分析一网打尽，应有尽有。3嘉因生物-ATAC-...
相比于ChIP-seq而言， CUT&Tag 的数据信噪比高、所需细胞数少，测序量小并且实验重复性高。scCUT&Tag，即单细胞CUT&Tag，可以进一步了解，指定的转录因子或者组蛋白修饰，在细胞群体中每一个细胞中的结合位置。2嘉因生物-CUT&Tag优势优势一 2021年7月，国内第1篇由服务商提供CUT&Tag服务的文章发表于Genome ...