研究分析Li2突变体和WT的8DPA纤维RNA-seq数据,以确定开放染色质区域变化对基因表达的影响。差异表达基因(DEG)分析显示,Li2突变体相较于WT有5077个上调和4905个下调基因(图3A)。随后,研究将ATAC-seq鉴定的差异基因和RNA-seq鉴定的DEG进行关联分析。在Li2突变体中,9794个基因与启动子Peak相关,分别与234个上调和177...
在这篇文章中,作者为了探究肾脏代偿性肥大的信号机制,构建了单侧肾切除的小鼠模型,通过三种不同的组学方法(ATAC-seq、RNA-seq 和蛋白质组学),鉴定了转录因子PPARα可能在肾脏代偿性肥大的过程中发挥重要的调节作用,肾脏中内源性PPARα配体水平的显著增加,可能是PPARα激活的潜在机制,接着通过在小鼠体内进行PPARα激...
接下来,作者使用高通量测序染色质(ATAC-Seq),描述活跃(即开放)和不活跃(即浓缩)染色质,以检测Ru1处理25小时后染色质可及性的变化。结果表明Ru1引起核DNA相分离。每个样本平均获得89.6%的比对率和5360万个有效数据片段。ATAC-Seq数据的热图显示,Ru...
为了测试吸烟处理的人RPE细胞是否能触发AMD样本染色质可及性的类似变化,对培养的RPE细胞中进行RNA-Seq,证实,iPSC衍生的RPE细胞在基因表达谱上与正常RPE细胞非常相似(R=0.81)。此外,对培养的RPE细胞进行ATAC-Seq,显示出与RPE组织中所有健康样本的平均ATAC-Seq分布大致相似的峰值分布模式(R=0.83)。这些分析都证明了iPS...
文章总结:在本研究中,作者生成并分析了来自成人肾皮质和髓质的基因表达(RNA-seq)、染色质可及性(ATAC-seq)、染色质构象(Hi-C)和空间转录组数据。作者使用精心注释的样本来重新分配在公共GTEx项目中错误标记的样本,并提取有意义的髓质基因表达特征。通过对基因表达、染色质可及性和构象谱的综合分析,我们发现了髓质...
分析ATAC-Seq从本质上来看和分析ChIP-Seq没啥区别,都是peak-calling,也就是从比对得到BAM文件中找出reads覆盖区,也就是那个峰。(尴尬的是,这句话对于老司机而言是废话,对于新手而言则是他们连ChIP-Seq都不知道)那么问题集中在如何找到peak,peak的定义是啥?
单细胞ATAC-seq高分文章研究思路 ATAC-seq基于高通量测序进行染色质开放性研究,是时下表观研究领域*热门的技术之一。而单细胞ATAC-seq技术在此基础上加以精进,实现在单细胞层面染色质可接近性的探索。具体的技术要点可点击单细胞 ATAC强强联手查看,本文以两篇Cell文章分享单细胞ATAC-seq的应用及研究进展。
该文章的研究对象是核纤层样蛋白OsNMCP1与染色质重塑复合物OsSWI3C,通过ATAC-seq和RNA-seq联合分析OsNMCP1过表达转基因株系和OsSWI3C干扰转基因株系在干旱和正常条件下染色质的可及性和下游基因的表达情况,从而揭示OsNMCP1和OsSWI3C调控干旱和根生长相关基因中的作用。这篇文章中其他实验都相对完整,但ATAC-seq和...
ATAC-seq生信分析方法综述:【文章原文】【中文解读1】【中文解读2】 ATAC-seq基础原理一文了解:【一文了解ATAC-seq】一、基础知识1. 解密表观遗传学的三个方向与测序方法1. 探索染色质的开放性(chromatin accessibility) ATAC-seq: Assay of Transposase Accessible Chromatin sequencing DNase-seq: DNase I hypersensi...
尽管ATAC-seq简单优秀,具有较好的重复性和信噪比,但它存在一个主要的障碍——专门为ATAC-seq数据开发的生物信息学分析工具很少。虽然ChIP-seq和DNase-seq中使用的分析工具也可以应用于ATAC-seq,但是这是基于它们数据特征相似的假设,然而此假设尚未得到系统地评估。