该研究通过单细胞染色质可及性分析(scATAC-seq),发现meta环与染色质可及性峰重叠,也与已经发表的DNase高敏感区域重叠。这些结果说明meta环的边界可能被转录因子锚定。 文章四 l 文章标题:Integrative scATAC-seq and scRNA-seq analyses map thymic iNKT cell development and identify Cbfβ for its commitment l ...
标题:scATAC-seq和scRNA-seq联合分析揭示了特莫西芬耐药乳腺癌中不同的表观遗传调控的癌细胞状态和异质性核心特征 文章题目:Integrated single-cell analysis reveals distinct epigenetic-regulated cancer cell states and a heterogeneity-guided core signature in tamoxifen-resistant breast cancer 发表期刊:Genome Medicin...
接下来,作者使用高通量测序染色质(ATAC-Seq),描述活跃(即开放)和不活跃(即浓缩)染色质,以检测Ru1处理25小时后染色质可及性的变化。结果表明Ru1引起核DNA相分离。每个样本平均获得89.6%的比对率和5360万个有效数据片段。ATAC-Seq数据的热图显示,Ru...
标题:scATAC-seq和scRNA-seq联合分析揭示了特莫西芬耐药乳腺癌中不同的表观遗传调控的癌细胞状态和异质性核心特征 文章题目:Integrated single-cell analysis reveals distinct epigenetic-regulated cancer cell states and a heterogeneity-guided core signature in tamoxifen-resistant breast cancer 发表期刊:Genome Medicin...
单细胞ATAC-seq高分文章研究思路 ATAC-seq基于高通量测序进行染色质开放性研究,是时下表观研究领域*热门的技术之一。而单细胞ATAC-seq技术在此基础上加以精进,实现在单细胞层面染色质可接近性的探索。具体的技术要点可点击单细胞 ATAC强强联手查看,本文以两篇Cell文章分享单细胞ATAC-seq的应用及研究进展。
近年来,ATAC-seq技术成为研究基因表观组学的新利器,在Cell、Nature等顶级期刊发表了多篇高分文章。这些研究主要通过ATAC-seq来研究表观遗传学调控,包括信号通路、细胞发育、疾病发生等,同时结合motif分析来识别哪些转录因子参与基因表达调控。 表1 ATAC-seq发表的部分高分文章 ...
文章小结 老年性黄斑变性(AMD)是老年人视力下降的重要原因。表观遗传改变在多大程度上调节AMD的进展尚不清楚。该研究使用ATAC-Seq对AMD患者和对照组的视网膜和视网膜色素上皮细胞(RPE)的染色质可及性进行了全局性分析。染色质可及性的整体下降发生在早期AMD的RPE和晚期疾病的视网膜中,这表明RPE的功能障碍导致疾病的发...
文章发现UTX缺失会诱导髓源性抑制细胞(MDSCs)生成,主要通路为UTX缺失使苯丙氨酸羟化酶甲基化,不易降解,从而增加酪氨酸的合成及分泌,酪氨酸被MDSCs摄入后进一步被羟基苯基丙酮酸双加氧酶(HPD)降解为匀浆酸(HGA),HGA羰基化Cys176的PIAS3位点,降低其对STAT5转录活性的抑制,最终促进MDSCs的积累,使CRC细胞逃避免疫...
相比于ChIP-seq而言， CUT&Tag 的数据信噪比高、所需细胞数少，测序量小并且实验重复性高。scCUT&Tag，即单细胞CUT&Tag，可以进一步了解，指定的转录因子或者组蛋白修饰，在细胞群体中每一个细胞中的结合位置。2嘉因生物-CUT&Tag优势优势一 2021年7月，国内第1篇由服务商提供CUT&Tag服务的文章发表于Genome ...
接下来,利用拟时间序列分析来识别血浆B细胞分化过程中顺式元件和反式调节因子的阶段特异性活动。发现B细胞发育的每个阶段都存在特定的动态调控元件。且在发育早期和晚期具有不同的调控元件(图2d-f)。表明ATAC-seq数据可识别细胞分化的顺式和反式调节因子。