Chip-seq是实验前明确有一个感兴趣的转录因子,根据目标转录因子设计抗体去做Chip-seq实验拉DNA,验证感兴趣的转录因子是否与DNA存在相互作用;而ATAC-Seq一般用于不知道特定的转录因子,是在全基因组范围内检测染色质的开放程度,可以得到全基因组范围内的蛋白质可能结合的位点信息,用这个技术方法与其他方法结合是想去筛感...
ATAC-Seq与ChIP-Seq的不同的是ATAC-Seq是全基因组范围内检测染色质的开放程度,可以得到全基因组范围内的蛋白质可能结合的位点信息,一般用于不知道特定的转录因子,用此方法与其他方法结合筛查感兴趣的特定调控因子;但是ChIP-Seq是明确知道感兴趣的转录因子是什么,根据感兴趣的转录因子设计抗体去做ChIP实验。 本实验ChIP...
ATAC-Seq是一种高通量测序技术，用于研究染色质的开放性状态，即哪些区域可以接触并响应转录因子等调控蛋白的调控。其分析干货主要包括以下几点：数据质量控制、峰识别与注释、染色质开放性区域的分析及基因调控网络的构建。二、详细解释：1. 数据质量控制：这是ATAC-Seq分析的第一步，目的是确保数据的准确...
这是为一个同学做的课件,主要是提供思路。从GDC下载ATAC-seq癌症特异性高峰并导入R.之后,进行食管腺癌(ESAD)与食管鳞状细胞癌(ESCC)的分析,并将结果可视化为火山图和热图。 1.3目标和目的 下载并理解ATAC-seq数据 比较两组不同的样本ATAC-seq数据 3 导入R包 # to read txt files library(readr) # to transf...
ATAC-seq:三个不同成熟期的果肉; 代谢组:三个成熟期的果肉和果皮。 研究目的: 通过比较基因组和变异分析,揭示了Mca与其他葫芦科植物的进化关系和基因变异。并基于染色质可及性(ATAC)测序、转录组测序和代谢组分析,鉴定出与果实质地、色素沉着、苦味、植物激素合成和信号转导相关的基因,揭示了苦瓜成熟过程中果实品...
之前写过ChIP-seq的基础分析:ChIP-seq数据分析(一):从raw reads到peaks,和此文有很多相似之处。 简介 ATAC-seq的目的是鉴定DNA的可触及区域,即未被组蛋白保护的开放区域,相当于DNase I 能够起作用的区域。用来探究转录因子反式调控机制。 参考: ATAC-seq测序的原理及应用http://www.360doc.com/content/18/122...
还有其它的技术能够实现这样的目的，它们分别是 DNase-Seq 、 FAIRE-Seq 和 MNase-seq *，原理相通~Reference: [1] https://en.wikipedia.org/wiki/Chromatin_remodeling . [2] Xu J, Liu Y. Probing Chromatin Compaction and Its Epigenetic States in situ With Single-Molecule Localizati...
最后是,运用单细胞ATAC-seq技术,我们可以实现哪些实验目的? 通过single cell ATAC-seq技术我们可以获得在该特定时空下单个细胞基因组中所有的处于松散状态的核酸序列,真核细胞通过将基因组DNA与组蛋白进行不同层次的折叠组装成染色质,这些精密组装信息在基因转录调控中起决定性作用。染色质区域的可接近性是特异性反式作...
ATAC-seq:（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing）是用于研究染色质可及性（通常也理解为染色质的开放性）的方法， 原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性，然后对Tn5酶捕获到的DNA序列进行测序。染色体由核小体为单元组成，而蛋白质缠绕（我记得是1.75圈...
本次报告围绕以下内容展开:1.ATAC-seq技术简介2.ATAC-seq数据分析讲解3.ATAC-seq与RNA-seq联合应用案例分享技术咨询请加微信号:wt119666, 视频播放量 5707、弹幕量 9、点赞数 62、投硬币枚数 30、收藏人数 321、转发人数 91, 视频作者 臻阅生物, 作者简介 表观基因组领跑