ATAC-Seq与ChIP-Seq的不同的是ATAC-Seq是全基因组范围内检测染色质的开放程度,可以得到全基因组范围内的蛋白质可能结合的位点信息,一般用于不知道特定的转录因子,用此方法与其他方法结合筛查感兴趣的特定调控因子;但是ChIP-Seq是明确知道感兴趣的转录因子是什么,根据感兴趣的转录因子设计抗体去做ChIP实验。 本实验ChIP...
嘉因生物-ATAC-seq实验原理及应用, 视频播放量 1109、弹幕量 0、点赞数 21、投硬币枚数 11、收藏人数 57、转发人数 23, 视频作者 表观遗传上海嘉因, 作者简介 2014年伊始 专注表观遗传10年 更专业 更放心 http://www.rainbow-genome.com/,相关视频:千年诅咒,2026年即将发
ATAC-seq数据可以帮助研究者识别易于CRISPR-Cas9等基因组编辑技术靶向的位点,从而提高基因编辑的效率和特异性。 (8)植物生物学 在植物中,ATAC-seq可以用来研究环境变化(如干旱、盐胁迫)如何影响染色质可及性和基因表达,这对于理解植物对环境适应的分子机制非常有用。 (9)免疫学 ATAC-seq可以用来研究免疫细胞在激活或...
1. ATAC-seq可以得到实验时点全基因组染色质开放信息,RNA-seq可以得到同一时点的基因表达信息,将两个组学数据联合分析,可以获得该时点下影响基因表达的的上游调控区域,寻找到影响基因表达的潜在TF(Transcription Factor)。 2. 通过对比不同细胞或者相同细胞在不同阶段的组学数据,可以对比出基因表达调控的差异。 3. 通...
另一个思路是,通过ATAC-seq技术检测染色质开放区域的DNA,初步看一下分布在基因启动子区域的差异peak,随后进行RNA-seq实验,对差异peak注释基因与RNA差异表达基因的交集进行功能分析,以揭示其潜在的生物学功能,最终,结合实验进行验证,以确保研究结果的准确性。
用ATAC-seq的数据,目的就是说想知道,我们的这些序列在哪些样本的哪些位置是开放的。这就可以为我们提供一个维度的信息或者是线索。 1、理解并模仿rename.py代码文件。 现在先通过分析rename.py的,来看看这个python代码是如何批量对文件进行命名的(代码的积累就是这样的一点点的复现模仿学习的过程)。
最后是,运用单细胞ATAC-seq技术,我们可以实现哪些实验目的? 通过single cell ATAC-seq技术我们可以获得在该特定时空下单个细胞基因组中所有的处于松散状态的核酸序列,真核细胞通过将基因组DNA与组蛋白进行不同层次的折叠组装成染色质,这些精密组装信息在基因转录调控中起决定性作用。染色质区域的可接近性是特异性反式作...
ATAC-Seq实验原理 ATAC-Seq技术的原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性，然后对Tn5酶捕获到的DNA序列进行测序。DNA转座，是一种把DNA序列从染色体的一个区域搬运到另外一个区域的现象，由DNA转座酶来实现。这种转座插入DNA，也是需要插入位点的染色质是开放的，否则就会被高级结构给卡住。转座酶可以随机结合...
从上面的实验流程也可以看出,ATAC-seq中比较重要的步骤是细胞悬液制备和提取完整的细胞核,在细胞裂解和提取细胞核过程中,线粒体DNA可能会与染色体DNA一起被提取和处理,从而引入线粒体污染。线粒体是没有组蛋白保护的,容易被Tn5转座酶切割,同时线粒体的拷贝数也比染色体高很多,如果线粒体在实验过程中没有去除,很...
ATAC-seq是经典的研究染色质开放性手段，将其结果与转录组或其他表观组学关联，即可获得染色质开放性对...