macs2 callpeak -f BAMPE -g<有效基因组大小>-t<干净的aliged.bam>-n<输出文件名>-q 0.01 --nolambda --nomodel -B --outdir<输出文件位置># ATAC-seq: 此处显示的代码用于无对照的ATAC数据,由于atac关注剪切位点,因此可将片段向5‘移动100bp,随后向3’延伸为200bp的片段(--shift -100 --extsize...
尽管ATAC-seq 实验方法相对简单且稳定,但是专门为 ATAC-seq 测序数据开发的生物信息学分析软件却非常少。由于 ATAC-seq 和 ChIP-seq 数据的相似性较高,ChIP-seq 分析使用的软件一般也可用于 ATAC-seq 的分析,但是使用 ChIP-seq 软件分析得到的 ATAC-seq 结果尚未得到系统性的评估。 step1:质控 step2:比对 step3...
对于组蛋白修饰的ChIP-seq而言,前面也说过组蛋白乙酰化与染色质开放区形成有重要联系,同样可以与ATAC-seq进行联合分析。 RNA-seq:比如将ATAC-seq的信号在gene body上的分布做比较,或者按照基因不同的表达量做分类,再与ATAC-seq联用分别统计不同表达量基因的TSS上的富集信号,研究ATAC-seq的富集信号是否与基因表达量...
ATAC-seq上游分析 大吉岭猹关注IP属地: 福建 0.4372019.09.27 20:46:41字数 446阅读 874 参考教程:生信技能树ATAC-seq教程 1. 环境配置及软件安装 1.1. 安装conda并配置镜像 conda config--addchannels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free conda config--addchannels https://mirrors.tuna....
如果你的数据是自己测序的FASTQ数据,或者下载的就是FASTQ数据,那么直接跑cellranger atac流程即可。数据如果是NCBI下载的公共数据库(这里我们用公共数据库的数据演示),SRA文件下载和之前单细胞转录组一样(见单细胞转录组上游分析)。也是需要转为FASTQ文件,并分为几个文件的。最后和单细胞转录组上游分析一样,文件的...
1、ATAC-seq+RNA-seq: 一般,RNA-seq会优先于ATAC-seq先测,得到表达差异基因后,可以通过ATAC-seq来做motif分析,寻找是谁调控了目的基因,然后再进行后续的实验验证。 另一个思路是,看ATAC-seq测到的染色质开放DNA区域,对应的转录本表达量是否也有增加,这样...
首先看上游数据处理流程: ATAC-seq paired-end reads were trimmed for Illumina adapter sequences using a custom script mapped to hg19 using bowtie with parameters –S –X2000 –m1. Duplicate reads were discarded with samtools. Peaks were identified using macs2 with parameters callpeak –nomodel –...
图1 1-MCP处理后木瓜果实进行ATAC-seq和RNA-seq的工作流程。蓝色椭圆代表细胞核匀浆，黄色椭圆代表组织匀浆。研究思路：研究结果：11-MCP不同处理下的木瓜果实的染色质可及性图谱 首先，研究人员通过ATAC-seq分析了1-MCP短期或长期处理下木瓜果实染色质可及性的变化。PCA（Pearson correlation analysis）（图2A）显示...
ATAC-seq的分析流程: 1、数据预处理 (1)比对前质量控制:FastQC可用于在测序数据中可视化碱基质量得分、GC含量、序列长度分布等。 (2)原始序列比对:将过滤的read比对到参考基因组。 (3)比对后处理和质量控制: 比对后处理就是去除重复序列和细胞器序列。
1.3 Workflow of ChIP-seq ChIP的流程大致如下，简单分为 第一步： 使用甲醛和大批量 DNA 进行...