1,已知DNA序列标签的转座子复合物转座酶Tn5,在细胞核裂解液中进行IP富集开放染色质的DNA后,构建高通量NGS测序的文库;进行高通量测序及基因组序列匹配分析。 2,ATAC-seq的测序结果,和基于组蛋白修饰marker的ChIP-seq有较高的吻合程度。但比ChIP-Seq、MNase-seq和DNase-seq具备更好重复性与更少的细胞/组织量。 3...
ATAC-seq)检测FOXQ1敲低前后细胞染色质易接近性的变化;(4)进一步对FOXQ1敲低前后的RNA-seq和ATAC-seq数据进行一系列生物信息学分析,寻找CRC中FOXQ1转录调控的潜在下游基因。结果
本实验联合应用RNA-seq与ATAC-seq寻找由FOXQ1敲低引起的染色质易接近性改变所导致的表达改变基因,即FOXQ1转录因子调控的潜在下游基因。 1 材料和方法 1.1 细胞、仪器和试剂 本实验所用细胞系均购于中科院上海细胞库,DMEM高糖培养液、RPMI 1640培养液购于美国Corning公司,胎牛血清购于美国Gibco公司。Puromycin购于...
本实验拟探究CRC细胞中FOXQ1的转录调控功能并寻找其下游基因。方法:(1)构建低表达FOXQ1基因的稳定转染CRC细胞株;(2)应用RNA-seq检测FOXQ1敲低前后表达量显著差异的基因;(3)应用转座酶可接近性核染色质区域测序分析(Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing, ATAC-seq)检测FOXQ1敲低前后细胞染色...