相比起来,ATAC-seq 是用 Tn5 转座酶,操作起来也更加简单,重复性好,而且最重要的一点是实验只需要很少的细胞/组织量,出来的信号也更加漂亮,所以 ATAC-seq 目前已经是研究染色质开放性首选的技术方法。 ATAC-seq 技术 ATAC-seq 技术用到了一个转座酶 Tn5:DNA 转座是一种由 DNA 转座酶介导,把 DNA 序列从染色体...
也就是说,ATAC-seq中的peak,往往是启动子、增强子序列,以及一些反式调控因子结合的位点。 相比起来,ATAC-seq的重复性,比MNase-seq和DNase-seq的更强,操作起来也更加简单,而且只需要很少的细胞/组织量,同时出来的信号更加漂亮。目前已经是研究染色质开放性首选的技术方法。 ATAC反应原理图 ATAC-seq技术流...
今天,我们就来聊聊这种前沿的基因表观遗传学技术——ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput sequencing)。 一、ATAC-seq介绍 ATAC-seq是一种用于研究染色质可及性的高通量测序技术,其原理是利用转座酶将测序标记插入细胞核内可及的染色质区域,再通过高通量测序技术对插入位点进行分...
ATAC-seq可以得到实验时间点全基因组染色质的开放信息，RNA-seq可以得到同一时点的基因表达信息，将两个组学数据联合分析，可以获得该时间点下影响基因表达的上游调控区域，寻找到影响基因表达的潜在转录因子。另外ATAC-seq还可以与其它组学技术联用，例如ChIP-seq，或者三个以上的技术一起组合使用。6.5 绘制染色质开放...
ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput Sequencing)是一种用于探究染色质开放性区域的技术,该技术利用Tn5转座酶接近核小体疏松区域切割暴露的DNA,获得开放的染色质区段(Open Chromatin),通过高通量测序及生物信息学分析来挖掘潜在的活跃转录因子及其靶基因,以此探究生物学相关问题。
更进一步，单细胞ATAC-seq则是在单个细胞水平上检测染色质可及性，这意味着我们可以看到每一个细胞内基因的开关状态，从而揭示不同细胞类型在不同条件下的独特基因表达模式。二、单细胞ATAC测序的技术原理 那么，这项技术是如何工作的呢？想象一下，我们有一个神奇的小工具，叫做转座酶（transposase），它可以找到那些...
使用ATAC-Seq技术我们可以解决多种问题,如重大疾病发病机制研究;寻找疾病的染色质开放区域差异;研究转录因子结合调控的差异;识别发育过程中的新型增强子;进行核小体定位等。 另外,该技术还可以与其它技术联合使用,比如与ChIP-seq相结合,使用后者来验证通过ATAC-Seq预测得到的转录因子潜在结合区域。又或者可以与转录组测序...
ATAC-seq 技术用到了一个转座酶 Tn5:DNA 转座是一种由 DNA 转座酶介导,把 DNA 序列从染色体的一个区域插入到另外一个区域的现象,类似于“剪切粘贴”。这个过程,也是需要插入位点的染色质是开放的,否则就会被一大坨高级结构给卡住。 转座酶可以随机结合并切割染色质开放区的 DNA,并且可同时在切割位点插入接头序列...
因此，在开始今天的内容之前，我们先回顾一下ATAC-seq技术。在基因组DNA没有发生改变的情况下，研究基因功能发生可遗传的变化并最终导致表型变化的原因是表观遗传学的主要内容，其中许多与复杂性状相关的遗传变异优先位于易接近的染色质区域（染色质可及性或开放性）。ATAC-seq是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf...
ATAC-seq,全称Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughout sequencing,即转座酶可接近染色质测序,是一种创新的表观遗传学研究技术。ATAC-seq的核心技术酶--转座酶Tn5可以把DNA序列进行随机打断,将测序接头直接插入到开放...