ATAC-seq,全称 Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing,是 2013 年由斯坦福大学 William J. Greenleaf 和 Howard Y. Chang 实验室开发的用来研究染色质可及性(通常也理解为染色质的开放性)的方法。 真核生物的核 DNA 并不是裸露的,而是组蛋白与之结合。DNA 一圈一圈地缠绕在...
ATAC-seq全称Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,即利用转座酶研究染色质可进入性的高通量测序技术。 要理解这项技术的作用,首先需要认识染色体的结构。 真核生物的核DNA并不是裸露的,而是有蛋白质即组蛋白与之相结合的。DNA一圈一圈地缠绕在组蛋白上,形成串珠式的...
ATAC-seq全称:Assay for Targeting Accessible-Chromatin with high-throughout sequencing 一句话概括:高活性的 Tn5 转座酶将测序接头插入OCR,然后测序,推断染色质区域的调控因子结合位点,并计算转录因子结合位点和核小体的区域位置。 基本概念: l DNA与组蛋白结合后形成核小体,核小体再进一步折叠压缩后最终形成染色质...
ATAC-seq,全称Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughout sequencing,即转座酶可接近染色质测序,是一种创新的表观遗传学研究技术。ATAC-seq的核心技术酶--转座酶Tn5可以把DNA序列进行随机打断,将测序接头直接插入到开放...
ATAC-Seq的全称是Assay for Transposase Accessible Chromatin using sequencing,中文译为染色体可及性测序。是利用Tn5转座酶切割染色质的开放区域并标记DNA序列,结合二代测序来获得相应基因的信息。 最早是由斯坦福大学的William J. Greenleaf和Howard Y. Chang在2013年发表在Nat Methods杂志上(Transposition of native chr...
ATAC-seq全称Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,即利用转座酶研究染色质可进入性的高通量测序技术。 要理解ATAC-seq技术的原理与应用,首先我们需要认识染色体/质的结构。 一、染色质(chromatin) 与原核生物裸露DNA不同,真核生物的核DNA并不是裸露的,而是有蛋白质即组蛋白与之...
ATAC-seq全称Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing，即利用转座酶研究染色质可及性的高通量测序技术。染色质可及性通常也理解为染色质的开放性，DNA的复制，基因的转录，需要将DNA的高级结构解开，这部分打开的染色质，称为开放染色质，而打开的染色质，就允许一些调控蛋白（比如...
ATAC-seq全称Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,即利用转座酶研究染色质可进入性的高通量测序技术。 要理解这项技术的作用,首先需要认识染色体/质的结构。 启动子(promoter):与RNA聚合酶结合并能起始mRNA合成的序列。
单细胞ATAC-seq技术,顾名思义就是在单细胞水平上的ATAC-seq技术,它兼具单细胞技术的高分辨率及ATAC-seq的优势,是目前研究基因表观组学的热门技术。ATAC-seq的全称是Assay for transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing,是基于高通量测序对开放性染色质(open chromatin)进行研究的技术。