ATAC-seq全称:Assay for Targeting Accessible-Chromatin with high-throughout sequencing 一句话概括:高活性的Tn5 转座酶将测序接头插入OCR,然后测序,推断染色质区域的调控因子结合位点,并计算转录因子结合位点和核小体的区域位置。 基本概念: l DNA与组蛋白结合后形成核小体,核小体再进一步折叠压缩后最终形成染色质。
ATAC-seq,全称Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing,ATAC-Seq方法由斯坦福大学的Howard Chang和William Greenleaf实验室的首席研究员Jason Buenrostro于2013年在《Nature Methods》杂志上首次发表。 ATAC-seq原理: 要理解这项技术的原理,首先要知道染色体/质的结构。真核生物的核DNA并...
ATAC-seq,英文全称Assay for Targeting Accessible-Chromatin with high-throughout sequencing,中文可理解为结合高通量测序技术的靶向开放染色质的研究方法。这个方法是2013年由斯坦福大学的William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室共同开发的用于研究染色质可及性/开放性的方法。目前,通过ATAC-seq方法发表的文章数量...
单细胞ATAC-seq技术,顾名思义就是在单细胞水平上的ATAC-seq技术,它兼具单细胞技术的高分辨率及ATAC-seq的优势,是目前研究基因表观组学的热门技术。ATAC-seq的全称是Assay for transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing,是基于高通量测序对开放性染色质(open chromatin)进行研究的技术。 1 开放...
ATAC-Seq与ChIP-Seq的不同的是ATAC-Seq是全基因组范围内检测染色质的开放程度,可以得到全基因组范围内的蛋白质可能结合的位点信息,一般用于不知道特定的转录因子,用此方法与其他方法结合筛查感兴趣的特定调控因子;但是ChIP-Seq是明确知道感兴趣的转录因子是什么,根据感兴趣的转录因子设计抗体去做ChIP实验拉DNA,验证感...
ATAC-seq全称Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing，即利用转座酶研究染色质可及性的高通量测序技术。染色质可及性通常也理解为染色质的开放性，DNA的复制，基因的转录，需要将DNA的高级结构解开，这部分打开的染色质，称为开放染色质，而打开的染色质，就允许一些调控蛋白（比如...
ATAC-seq全称Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,即利用转座酶研究染色质可进入性的高通量测序技术。 要理解这项技术的作用,首先需要认识染色体/质的结构。 启动子(promoter):与RNA聚合酶结合并能起始mRNA合成的序列。
ATAC-Seq的全称是Assay for Transposase Accessible Chromatin using sequencing，中文译为染色体可及性测序。是利用Tn5转座酶切割染色质的开放区域并标记DNA序列，结合二代测序来获得相应基因的信息。2、ATAC-seq的用途是什么？如果DNA想复制或者转录就需要先把超螺旋打开，这样相关的酶才能结合到DNA上面发挥各自的功能。...
ATAC-seq技术简介 ATAC-seq最近几年是比较火的一种测序技术。那什么是ATAC-seq技术呢?ATAC-seq的全称是Assay for Transposase Accessible Chromatin using sequencing, 运用测序手段研究转座酶可接近的染色质的实验。 真核生物的DNA并不是裸露的, 由组蛋白与之结合。DNA缠绕在组蛋白上,形成串珠式结构。这样的结构进一...
ATAC-seq全称Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,即利用转座酶研究染色质可进入性的高通量测序技术。 要理解这项技术的作用,首先需要认识染色体/质的结构。 真核生物的核DNA并不是裸露的,而是有蛋白质即组蛋白与之相结合的。DNA一圈一圈地缠绕在组蛋白上,形成串珠式的结构。