ATAC-seq,全称 Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing,是 2013 年由斯坦福大学 William J. Greenleaf 和 Howard Y. Chang 实验室开发的用来研究染色质可及性(通常也理解为染色质的开放性)的方法。 真核生物的核 DNA 并不是裸露的,而是组蛋白与之结合。DNA 一圈一圈地缠绕在...
一般,RNA-seq会优先于ATAC-seq先测,得到表达差异基因后,可以通过ATAC-seq来做motif分析,寻找是谁调控了目的基因,然后再进行后续的实验验证。 另一个思路是,看ATAC-seq测到的染色质开放DNA区域,对应的转录本表达量是否也有增加,这样再做RNA-seq可以找到对应的转录本相关基因,对富集到的基因进行功能分析,再结合实验...
ATAC-seq全称Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,即利用转座酶研究染色质可进入性的高通量测序技术。 要理解这项技术的作用,首先需要认识染色体的结构。 真核生物的核DNA并不是裸露的,而是有蛋白质即组蛋白与之相结合的。DNA一圈一圈地缠绕在组蛋白上,形成串珠式的...
ATAC-seq,全称Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughout sequencing,即转座酶可接近染色质测序,是一种创新的表观遗传学研究技术。ATAC-seq的核心技术酶--转座酶Tn5可以把DNA序列进行随机打断,将测序接头直接插入到开放...
ATAC-seq,英文全称Assay for Targeting Accessible-Chromatin with high-throughout sequencing,中文可理解为结合高通量测序技术的靶向开放染色质的研究方法。这个方法是2013年由斯坦福大学的William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室共同开发的用于研究染色质可及性/开放性的方法。目前,通过ATAC-seq方法发表的文章数量...
先简单介绍一下单细胞ATAC-seq。ATAC-seq的全称是Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughputsequencing。在基因组上,有很多开放的染色质区域,这些区域是转录因子和转录元件的重要结合位点。在此之前,其实已经有多种手段可以用来研究转录调控区域。比如DNAse-seq和FAIRE-seq,但是相比于这两个技术,ATA...
ATAC-seq全称Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing，即利用转座酶研究染色质可及性的高通量测序技术。染色质可及性通常也理解为染色质的开放性，DNA的复制，基因的转录，需要将DNA的高级结构解开，这部分打开的染色质，称为开放染色质，而打开的染色质，就允许一些调控蛋白（比如...
ATAC-Seq 基于转座酶和高通量测序的染色质分析技术(ATAC-seq)是一种新的表观遗传学技术,是一种利用转座酶(改造后Tn5转座酶)来研究全基因组范围内染色质开放性的方法。ATAC-seq是“Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput Sequencing”的缩写,最早是由斯坦福大学的Howard Chang和William Greenl...
单细胞ATAC-seq技术,顾名思义就是在单细胞水平上的ATAC-seq技术,它兼具单细胞技术的高分辨率及ATAC-seq的优势,是目前研究基因表观组学的热门技术。ATAC-seq的全称是Assay for transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing,是基于高通量测序对开放性染色质(open chromatin)进行研究的技术。