ATAC-seq,全称 Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing,是 2013 年由斯坦福大学 William J. Greenleaf 和 Howard Y. Chang 实验室开发的用来研究染色质可及性(通常也理解为染色质的开放性)的方法。 真核生物的核 DNA 并不是裸露的,而是组蛋白与之结合。DNA 一圈一圈地缠绕在...
1、ATAC-seq+RNA-seq: 一般,RNA-seq会优先于ATAC-seq先测,得到表达差异基因后,可以通过ATAC-seq来做motif分析,寻找是谁调控了目的基因,然后再进行后续的实验验证。 另一个思路是,看ATAC-seq测到的染色质开放DNA区域,对应的转录本表达量是否也有增加,这样再做RNA-seq可以找到对应的转录本相关基因,对富集到的基因...
尽管ATAC-seq 实验方法相对简单且稳定,但是专门为 ATAC-seq 测序数据开发的生物信息学分析软件却非常少。由于 ATAC-seq 和 ChIP-seq 数据的相似性较高,ChIP-seq 分析使用的软件一般也可用于 ATAC-seq 的分析,但是使用 ChIP-seq 软件分析得到的 ATAC-seq 结果尚未得到系统性的评估。 step1:质控 step2:比对 step3...
ATAC-seq,全称Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughout sequencing,即转座酶可接近染色质测序,是一种创新的表观遗传学研究技术。ATAC-seq的核心技术酶--转座酶Tn5可以把DNA序列进行随机打断,将测序接头直接插入到开放...
ATAC-seq全称Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,即利用转座酶研究染色质可进入性的高通量测序技术。 要理解这项技术的作用,首先需要认识染色体的结构。 真核生物的核DNA并不是裸露的,而是有蛋白质即组蛋白与之相结合的。DNA一圈一圈地缠绕在组蛋白上,形成串珠式的...
先简单介绍一下单细胞ATAC-seq。ATAC-seq的全称是Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughputsequencing。在基因组上,有很多开放的染色质区域,这些区域是转录因子和转录元件的重要结合位点。在此之前,其实已经有多种手段可以用来研究转录调控区域。比如DNAse-seq和FAIRE-seq,但是相比于这两个技术,ATA...
ATAC-seq全称Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,即利用转座酶研究染色质可进入性的高通量测序技术。 要理解这项技术的作用,首先需要认识染色体/质的结构。 启动子(promoter):与RNA聚合酶结合并能起始mRNA合成的序列。
ATAC-seq全称Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing，即利用转座酶研究染色质可及性的高通量测序技术。染色质可及性通常也理解为染色质的开放性，DNA的复制，基因的转录，需要将DNA的高级结构解开，这部分打开的染色质，称为开放染色质，而打开的染色质，就允许一些调控蛋白（比如...
ATAC-seq 全称是 Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput sequencing 可以理解为借助转座酶对开放染色质区域进行高通量测序。参见下面示意图,它的主要原理是 Tn5 转座酶可以对染色质开放区域DNA切割并添加测序接头,然后进行高通量测序就取得了开放染色质区域的测序数据。与其他技术比较(DNase-Seq...