ATAC-Seq的全称是Assay for Transposase Accessible Chromatin using sequencing,中文译为染色体可及性测序。是利用Tn5转座酶切割染色质的开放区域并标记DNA序列,结合二代测序来获得相应基因的信息。 最早是由斯坦福大学的William J. Greenleaf和Howard Y. Chang在2013年发表在Nat
ATAC-seq,英文全称Assay for Targeting Accessible-Chromatin with high-throughout sequencing,中文可理解为结合高通量测序技术的靶向开放染色质的研究方法。这个方法是2013年由斯坦福大学的William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室共同开发的用于研究染色质可及性/开放性的方法。目前,通过ATAC-seq方法发表的文章数量...
ATAC-Seq的全称是Assay for Transposase Accessible Chromatin using sequencing,中文译为染色体可及性测序。是利用Tn5转座酶切割染色质的开放区域并标记DNA序列,结合二代测序来获得相应基因的信息。 2、ATAC-seq的用途是什么? 如果DNA想复制或者转录就需要先把超螺旋打开,这样相关的酶才能结合到DNA上面发挥各自的功能。...
ATAC-seq,全称 Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughout sequencing,即利用转座酶研究染色质可接近性的高通量测序技术,是一种创新的表观遗传学研究技术。【转发】@想要翻身把歌唱的...
ATAC-seq与ChIP-seq | ATAC-seq,英文全称Assay for Targeting Accessible-Chromatin with high-throughout sequencing。用于研究染色质可及性/开放性的方法。ChIP-Seq原理是:首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。DNA...
#ATAC数据分析中的去重技巧 在生物信息学中,ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing)是一种常用的技术,用于研究染色质的开放状态和调控区域。这种技术生成大量的测序数据,因此数据清理和去重是ATAC数据分析中的重要步骤。本文将介绍ATAC数据分析中的去重方法,包括一些代码示例和相关的概念。
SCALE全称是Single-Cell ATAC-seq analysis vie Latent feature Extraction,从名字中就能知道这个软件是通过隐特征提取的方式分析单细胞ATAC-seq数据。 在文章中,作者从开发者的角度列出了目前的scATAC-seq分析软件,chromVAR, scABC, cisTopic, scVI,发现每个软件都有一定的不足之处,而从我们软件使用者的角度,其实可以...
ATAC-seq,英文全称Assay for Targeting Accessible-Chromatin with high-throughout sequencing,中文可理解为结合高通量测序技术的靶向开放染色质的研究方法。这个方法是2013年由斯坦福大学的William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室共同开发的用于研究染色质可及性/开放性的方法。目前,通过ATAC-seq方法发表的文章数量...
# ATAC数据分析中的去重技巧 在生物信息学中,ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing)是一种常用的技术,用于研究染色质的开放状态和调控区域。这种技术生成大量的测序数据,因此数据清理和去重是ATAC数据分析中的重要步骤。本文将介绍ATAC数据分析中的去重方法,包括一些代码示例和相关的概念。