(3)1/4荧光强度差加上最小荧光强度,得到下荧光;1/3荧光强度差加上最小荧光,得到上荧光; (4)计算下荧光及下荧光对应的循环数。 17. 将剩余步骤9中的45 ul PCR产物放回PCR仪中继续反应: PCR程序: 18. 用Qiagen MinElute PCR纯化试剂盒纯化扩增文库;使用20μl EB洗脱。 19. 凝胶分离和纯化: 将纯化后的...
(3)1/4荧光强度差加上最小荧光强度,得到下荧光;1/3荧光强度差加上最小荧光,得到上荧光; (4)计算下荧光及下荧光对应的循环数。 17. 将剩余步骤9中的45 ul PCR产物放回PCR仪中继续反应: PCR程序: 18. 用Qiagen MinElute PCR纯化试剂盒纯化扩增文库;使用20μl EB洗脱。 19. 凝胶分离和纯化: 将纯化后的...
单细胞ATAC-seq 通过微流体、纳米孔或组合索引技术,scATAC-seq现在能够以低成本和方便的protocol测量数千细胞的染色质可及性[33,34,35]。由于每个碱基的染色质可及性将是二元的,scATAC-seq数据将是稀疏的,因为在二倍体生物中只有两个DNA拷贝。这是分析scATAC-seq数据的挑战。尽管针对常规ATAC-seq的分析已列出,单...
打开界面后你可以通过点击“Recent Files”页面中的“ATACTutorial.cloupe”来获取ATAC教程数据集。ATAC教程数据集是根据标准Chromium™ Single-Cell ATAC protocol利用cellranger-atac流程分析人外周血单核细胞得到的结果,流程分析得到的barcode计数为5335。 自己的10x scATAC数据 点击下方Browse for a Loupe Cell Browser...
铛铛铛铛,冻存样本处理protocol放送了! (Tips:细胞冻存或者组织冻存时,建议放在液氮中保存,这样样本存储时间更久,得到的结果更好哦!) 01、冻存细胞预处理 1.1实验前准备 1.在开始细胞解冻前,将水浴锅设置为37℃; 2.准备约50 mL温热(37℃预热)的RPMI-1640 +10% FBS培养基; ...
To control for sequence bias, the same ATAC protocol was applied to genomic DNA from synchronous wild-type 3D7P. falciparumring stage parasites using 547.0 ng or 60.8 ng of input DNA. 看一下8个RNA-seq的数据,其用的是链特异性(Strand-specific )RNA-seq,关于链特异性RNA-seq可以参考这两篇博文...
The Omni-ATAC protocol enables chromatin accessibility profiling from material that was previously deemed intractable including frozen tissue samples.doi:10.1038/protex.2017.096M. Ryan CorcesAlexandro E. TrevinoEmily G. HamiltonPeyton G. Greenside
The protocol described how to prepare the ATAC-seq library from fixed muscle stem cells. Figure 4 represents the library size distribution for the ATAC-seq library. The first peak corresponds to the nucleosome-free fragments, the second peak represents the mono-nucleosome fragments, and the third...
generates chromatin accessibility profiles from archival frozen tissue samples and 50-μm sections, revealing the activities of disease-associated DNA elements in distinct human brain structures. The Omni-ATAC protocol enables the interrogation of personal regulomes in tissue context and translational ...
样本:从单细胞悬浮液抽提细胞核,可参考细胞核抽提protocol制备细胞核悬液。 图4 10x Genomics 单细胞ATAC送样建议 应用方向 研究领域应用范围广——干细胞、发育分化、肿瘤、免疫、神经系统等。 分析内容 基于染色质开放区域和转录因子motif富集进行细胞的分群和鉴定; ...