(e)一个成功的ATAC-seq文库:具有较高的转录起始位点(TSS)富集评分,但在Bioanalyzer电泳图中观察到的核小体周期性不明显 (f)一个不成功的ATAC-seq文库:具有较低的TSS富集评分,且在Bioanalyzer电泳图中没有明显的核小体周期性 Figure 3: Assessing ATAC-seq library quality 3、测序参数指导 更加详细的要求可以参...
Figure 2: Schematic overview of ATAC-seq protocol 与其他技术比较 现有的用于绘制DNA调控元件的技术种类繁多,在特定应用中选择最适当且信息量最大的技术变得具有挑战性。在下表中,作者比较了用于绘制DNA调控元件的最常用技术的一些技术和实验方面:ATAC-seq、DNase-seq、MNase-seq、ChIP-seq和靶向CUT&TAG,以帮助新...
The Omni-ATAC protocol enables chromatin accessibility profiling from material that was previously deemed intractable including frozen tissue samples.doi:10.1038/protex.2017.096M. Ryan CorcesAlexandro E. TrevinoEmily G. HamiltonPeyton G. Greenside
Omnition is a pipeline designed to process data generated with Bio-Rad's ddSEQ™ Single-Cell 3’ RNA-Seq Kit or ddSEQ™ SureCell ATAC-Seq Library Prep Kit and the dsciATAC protocol. It performs debarcoding, alignment, bead merging, cell calling, and feature counting. Output is an HT...
与先前的ATAC-seq相比,Omni-ATAC protocol大大降低了测序成本,产生的mapping到线粒体上的reads降低到前者的1/13,并且提高了数据质量,比原来多三倍的reads落在peaks中(也就是FRiP值增加),每个细胞的unique fragments是原来的15倍。 compare_QC.jpg 上图比对了Omni-ATAC和标准ATAC、Fast-ATAC的质控信息,包括文库大小...
目前市面上的公司做ATAC-seq基本上采用的都是Omni-ATAC这套Protocal,稳定性比较好。 文献信息 An Improved ATAC-seq Protocol Reduces Background and Enables Interrogation of Frozen Tissues 2017年12月,Greenleaf实验室发表在Nature Methods 原文链接:https://www.nature.com/articles/nmeth.4396 ...
Figure 2: Schematic overview of ATAC-seq protocol 与其他技术比较 现有的用于绘制DNA调控元件的技术种类繁多,在特定应用中选择最适当且信息量最大的技术变得具有挑战性。在下表中,作者比较了用于绘制DNA调控元件的最常用技术的一些技术和实验方面:ATAC-seq、DNase-seq、MNase-seq、ChIP-seq和靶向CUT&TAG,以帮助新...
据说,目前市面上的公司做ATAC-seq基本上采用的都是Omni-ATAC这套Protocal,稳定性比较好。 而Omni-ATAC到底怎么回事儿呢? 2017年12月,Greenleaf实验室发表在Nature Methods上的文章An Improved ATAC-seq Protocol Reduces Background and Enables Interrogation of Frozen Tissues(DOI: 10.1038/nmeth.4396)中详细的介绍...