表明,β细胞和δ细胞的调控机制以及α细胞和γ细胞密切相关,这与scRNA-seq数据一致。 2. 胰岛内分泌细胞调控机制的异质性 进一步确定亚群之间具有可变的可及性基因启动子,INS在β细胞亚群之间有最可变的启动子可及性,α细胞亚群之间为GCG,δ细胞亚群之间为SST。并通过基因富集分析(GSEA),发现区分荷尔蒙高和荷尔蒙低...
10X单细胞ATAC-seq ATAC-seq(Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,染色质易开放区域测序)是2013年由美国Stanford大学的William Greenleaf教授研发了一种全新的方法,利用DNA转座酶结合高通量测序技术,来研究染色体的可进入性。ATAC-seq的原理是,染色质易开放区域测序)利用Tn5转座酶切...
ATAC-seq(染色质开放性测序技术, Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing)是通过转座酶研究染色质开放性的高通量测序技术。众所周知,染色体绝大部分区域是紧密折叠的,仅有一小部分比较松散,而这部分松散(开放、易接近)区域往往是转录发生调控区域。ATAC-seq技术利用转座酶将接头序列插入在基因组的...
方法/步骤 1 10x单细胞ATAC-seq实验流程首先，将转座酶加入制备好的单细胞核悬液进行反应。随后，利用8通道的微流体双十字交叉系统将含Barcode的Gel Beads、细胞核和酶的混合物、油三者结合形成GEMs。在GEMs中，凝胶珠溶解释放大量barcode序列，DNA延伸带上barcode序列，并进行线性扩增。最后，进行illumina的文库构建。2...
10x单细胞ATAC-seq基于GemCode微流体平台,首先利用转座酶混合液孵育细胞核悬液,转座酶进入细胞核,优先在切割开放染色质区域使DNA片段化,并在DNA片段的末端添加测序引物;其次,带有标签(Barcode)的凝胶珠(GelBeads)和单个细胞核包裹在油滴中,形成GEMs;随后凝胶珠溶解,细胞核裂解释放DNA片段,并在片段末端加上标签;GEMs破...
ATAC-Seq(染色质开放性测序技术,Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing)是通过转座酶研究染色质开放性的高通量测序技术。在DNA复制和转录时,DNA紧密结构打开,调控因子才能结合在染色质上发挥功能。单细胞转录组数据能够基于差异基因进行细胞分群,但这些基因是如何被调控的,仍...
10x Genomics单细胞ATAC-seq实测数据概览 目前,趋于稳定的单细胞ATAC-seq技术已帮助科研工作者们实现了单细胞层面的染色质可接近性探索,而基于10x Genomics平台的单细胞ATAC-seq解决方案因其通量高、成本低、易操作等特点,备受青睐。 目前,趋于稳定的单细胞ATAC-seq技术已帮助科研工作者们实现了单细胞层面的染色质可...
18年年末,10X Genomics正式推出了单细胞ATAC-seq产品及实施方案,这是目前第一个成熟的单细胞表观基因组特征的商业化解决方案,为探索细胞发育的机理机制、深入了解疾病的诊断和治疗提供便利。 01 ATAC-seq技术 ATAC-seq(染色质开放性测序技术, Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing)是通过转座酶...
Saxonov认为ATAC-seq有着广泛的应用前景,并与10x Genomics的单细胞基因表达产品互补。他认为,这项技术将应用在各个领域,最早是肿瘤学和免疫肿瘤学。 Epinomics一直在发掘这项技术的临床应用,包括利用表观基因组的特征来预测对免疫疗法的反应。同时,它也与斯坦福大学的Parker癌症免疫治疗研究所合作,利用生物标志物和表...
抗体分泌细胞(ASCs)通过产生抗体来执行效应功能的终末分化B细胞,B细胞受体测序(scBCR-seq)结果显示抗体分泌细胞的比例变化很大,肿瘤浸润的抗体分泌细胞具有更高的多样性,扩展的B细胞受体克隆型数量也有所增加,在肿瘤中克隆大小的同质性高于其他组织,对抗体分泌细胞分析发现10个不同的浆细胞(PC)亚簇具有特定的基因特...