10x Gennomics单细胞ATAC-seq(Single Cell Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,单细胞染色质易开放区域测序)基于GemCode微流体平台,利用Tn5转座酶切割染色质的开放区域,并加上测序引物进行高通量测序,以高分辨率研究染色质开放区域,为成千上万个单细胞提供全面的染色质调控图谱。
10x单细胞ATAC-seq基于GemCode微流体平台,首先利用转座酶混合液孵育细胞核悬液,转座酶进入细胞核,优先在切割开放染色质区域使DNA片段化,并在DNA片段的末端添加测序引物;其次,带有标签(Barcode)的凝胶珠(GelBeads)和单个细胞核包裹在油滴中,形成GEMs;随后凝胶珠溶解,细胞核裂解释放DNA片段,并在片段末端加上标签;GEMs破...
通过10x Genomics单细胞ATAC-seq检测了小鼠和人类组织中的CD4+T细胞,并定义了一个共享的组织修复Treg特征。利用这一特征和TCR追踪识别了外周血中人类BATF+CCR8+组织样Treg细胞,并揭示了组织中这一群体的T-follicular helper(Tfh)样分化程序。在幼稚的Treg细胞中诱导Tfh程序可以促进组织表型,包括修复功能。将健康组织中...
10x Genomics单细胞ATAC-seq实测数据概览 目前,趋于稳定的单细胞ATAC-seq技术已帮助科研工作者们实现了单细胞层面的染色质可接近性探索,而基于10x Genomics平台的单细胞ATAC-seq解决方案因其通量高、成本低、易操作等特点,备受青睐。 目前,趋于稳定的单细胞ATAC-seq技术已帮助科研工作者们实现了单细胞层面的染色质可接...
文章名称:Single-cell chromatin accessibility identifies pancreatic islet cell type-and state-specific regulatory programs of diabetes risk 发表期刊:Nature Genetics 发表时间:2021年4月 影响因子:35…
为什么选择Epi ATAC 只需要开放染色质可及性信息 分析参数 物种 小鼠 人类 大鼠 非人类灵长动物 海洋生物 植物 昆虫 兼容样本 细胞悬液 细胞核悬液 新鲜组织 冷冻组织 类器官 多组学功能 染色质可及性 通用型3' 基因表达 兼容仪器 Chromium X Chromium iX ...
18年年末,10X Genomics正式推出了单细胞ATAC-seq产品及实施方案,这是目前第一个成熟的单细胞表观基因组特征的商业化解决方案,为探索细胞发育的机理机制、深入了解疾病的诊断和治疗提供便利。 01 ATAC-seq技术 ATAC-seq(染色质开放性测序技术, Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing)是通过转座酶...
最近美国斯坦福大学的研究团队利用10x Genomics单细胞ATAC-seq技术,绘制了来自血液、基底细胞癌组织的200,000多个单细胞的染色质可及性图谱[17]。文章对来源于16个健康人外周血及骨髓细胞的63,882个细胞核样本进行单细胞ATAC测序分析,基于染色...
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在本教程中,我们将探讨由10x Genomics公司提供的成年小鼠大脑细胞的单细胞ATAC-seq数据集。本教程中使用的所有相关文件均可在10x Genomics官方网站上获取。 本教程复现了之前在人类外周血单核细胞(PBMC)的Signac入门教程中执行的命令。我们通过在不同的系统上进行相同的分析,来展示其性能以及对不同组织类型的适用性,并...