Figure 2: Schematic overview of ATAC-seq protocol 与其他技术比较 现有的用于绘制DNA调控元件的技术种类繁多,在特定应用中选择最适当且信息量最大的技术变得具有挑战性。在下表中,作者比较了用于绘制DNA调控元件的最常用技术的一些技术和实验方面:ATAC-seq、DNase-seq、MNase-seq、ChIP-seq和靶向CUT&TAG,以帮助新...
Figure 2: Schematic overview of ATAC-seq protocol 与其他技术比较 现有的用于绘制DNA调控元件的技术种类繁多,在特定应用中选择最适当且信息量最大的技术变得具有挑战性。在下表中,作者比较了用于绘制DNA调控元件的最常用技术的一些技术和实验方面:ATAC-seq、DNase-seq、MNase-seq、ChIP-seq和靶向CUT&TAG,以帮助新...
(3)1/4荧光强度差加上最小荧光强度,得到下荧光;1/3荧光强度差加上最小荧光,得到上荧光; (4)计算下荧光及下荧光对应的循环数。 17. 将剩余步骤9中的45 ul PCR产物放回PCR仪中继续反应: PCR程序: 18. 用Qiagen MinElute PCR纯化试剂盒纯化扩增文库;使用20μl EB洗脱。 19. 凝胶分离和纯化: 将纯化后的...
(3)1/4荧光强度差加上最小荧光强度,得到下荧光;1/3荧光强度差加上最小荧光,得到上荧光; (4)计算下荧光及下荧光对应的循环数。 17. 将剩余步骤9中的45 ul PCR产物放回PCR仪中继续反应: PCR程序: 18. 用Qiagen MinElute PCR纯化试剂盒纯化扩增文库;使用20μl EB洗脱。 19. 凝胶分离和纯化: 将纯化后的...
2.Maor-Nof M, Shipony Z, Marinov GK, Greenleaf WJ, Gitler AD. An optimized ATAC-seq protocol for genome-wide mapping of active regulatory elements in primary mouse cortical neurons. STAR Protoc. 2021;2(4):100854. Published 2021 Sep 30. doi:10.1016/j.xpro.2021.100854 ...
2.Maor-Nof M, Shipony Z, Marinov GK, Greenleaf WJ, Gitler AD. An optimized ATAC-seq protocol for genome-wide mapping of active regulatory elements in primary mouse cortical neurons. STAR Protoc. 2021;2(4):100854. Published 2021 Sep 30. doi:10.1016/j.xpro.2021.100854 ...
An improved ATAC-seq protocol reduces background and enables interrogation of frozen tissues. Nature Methods. 2017 Aug.结果展示 1、全基因组调控活性图谱分析 染色质结构的改变对细胞的命运会产生极大的影响,染色质结构开放程度影响蛋白结合程度,开放程度也直接反映了染色质转录活性,因此,对特定时间空间下染色质...
We present Omni-ATAC, an improved ATAC-seq protocol for chromatin accessibility profiling that works universally across multiple cell types and cell contexts with significant improvement of signal-to-background ratio and information content. The Omni-ATAC protocol enables chromatin accessibility profiling ...
ATAC-seq技术的发展得益于Tn5转座酶的研究，Tn5转座酶的应用，大大简化了开放染色质研究的时间，从最初2-3天的实验周期，缩短到2-3小时【5】。图1.来源：Lee B. H. et al. 2021从上面的介绍，我们看到，Tn5酶的出现，确实是改变了表观技术研究的应用，ATAC-seq技术问世以来，大量的样本获得了较好的开放染色...
ATAC-seq技术的发展得益于Tn5转座酶的研究,Tn5转座酶的应用,大大简化了开放染色质研究的时间,从最初2-3天的实验周期,缩短到2-3小时【5】。 图:不同染色质开放性研究技术对比,图片来源:Lee B. H. et al. 2021 Tn5酶的出现,确实是改变了表观技术研究的应用,ATAC-seq技术问世以来,大量的样本获得了较好的开放...