单细胞 RNA 测序(scRNA - seq) :分析单个细胞的转录组信息,发现 AML 微环境中的免疫细胞亚群和状态,如耗竭 CD8 + T 细胞的存在,揭示 AML 免疫微环境的复杂性。 (三)免疫组学 HLA 分型 :确定患者的 HLA 等位基因,为新抗原预测提供基础。 新表位预测 :基于患者的 HLA 等位基因和驱动突变信息,预测可能的新...
王华锋教授点评 尽管单细胞测序(scRNA-seq)和免疫荧光技术已经明确了AML的骨髓微环境异质性,并提出了LSCs的关键作用,但在血液疾病中,骨髓的空间转录组分析仍然是一个巨大的挑战。我们提出了一种基于脱钙的骨髓空转新方法——SPOT-seq,...
本研究采用了单细胞RNA测序(scRNA-seq)提供了与der(1;7)异常相关的造血细胞转录特征和异质性,并比较了der(1;7)MDS患者到sAML进展过程中免疫微环境的变化。 研究方法 该研究采用CopyKat算法识别携带der(1;7)核型异常的细胞,对4例der...
作为揭示AML中细胞层次结构的第一步,作者重新分析了12名诊断为AML的13653个细胞scRNA-seq,重点关注原始干细胞和祖细胞群(白血病干细胞和祖细胞(leukemia stem and progenitor cells,LSPCs))。作者先前确定了两种正常人类造血干细胞转录组群体:一种是转录组多样性低的深度静止群体,另一种是CDK6表达较高的较浅静止状态。
接着,利用单变量和 LASSO Cox 回归分析,构建了 ICDRS 模型,这就好比搭建了一座桥梁,将基因数据和 AML 的预后联系起来。还运用了单细胞 RNA 测序(scRNA - seq)技术,深入研究 AML 骨髓微环境,就像用显微镜观察微观世界一样,让研究人员看到了细胞层面的奥秘。
尽管单细胞测序(scRNA-seq)和免疫荧光技术已经明确了AML的骨髓微环境异质性,并提出了LSCs的关键作用,但在血液疾病中,骨髓的空间转录组分析仍然是一个巨大的挑战。我们提出了一种基于脱钙的骨髓空转新方法——SPOT-seq,可以在保证mRNA完整性的前提下提供AML患者骨髓的空间转录组图谱。SPOT-seq方法整合了空间转录组学、...
③ 通过scRNA-seq分析,鉴定并注释了儿童LCH患者血液中单核吞噬细胞的主要亚群,该亚群中与RAS-MAPK-ERK相关的基因表达都发生了广泛的改变,且在高突变负荷的患者中观察到最高的RAS-MAPKERK通路活性。 ④ 使用BRAF抑制剂达布拉非尼(dabrafenib)靶向治疗LCH患者,可抑制MAPK级联反应,预防炎症,调节单核吞噬细胞内的细胞代谢...
scRNAseq has emerged as a revolutionary tool that allows for the exploration of gene expression profiles of thousands of cells at the single-cell level in just one experiment (Ramsköld et al.2012; Macosko et al.2015). A typical scRNA-seq pipeline consists of several steps: (i) sample ac...
scRNAseq has emerged as a revolutionary tool that allows for the exploration of gene expression profiles of thousands of cells at the single-cell level in just one experiment (Ramsköld et al.2012; Macosko et al.2015). A typical scRNA-seq pipeline consists of several steps: (i) sample ac...
研究数据来自两个方面:首先,对8名复发或难治性急性髓系白血病(R/R AML)患者和4名健康对照者的骨髓样本进行单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据的分析;其次,从GEO数据库下载了两套scRNA-seq数据集,GSE223844包含8名R/R AML患者的数据,GSE116256包含健康对照和预测数据。 创新点 🌟 这篇文章的主题聚焦在急性髓系白血...