王华锋教授点评 尽管单细胞测序(scRNA-seq)和免疫荧光技术已经明确了AML的骨髓微环境异质性,并提出了LSCs的关键作用,但在血液疾病中,骨髓的空间转录组分析仍然是一个巨大的挑战。我们提出了一种基于脱钙的骨髓空转新方法——SPOT-seq,...
本研究采用了单细胞RNA测序(scRNA-seq)提供了与der(1;7)异常相关的造血细胞转录特征和异质性,并比较了der(1;7)MDS患者到sAML进展过程中免疫微环境的变化。 研究方法 该研究采用CopyKat算法识别携带der(1;7)核型异常的细胞,对4例der...
作为揭示AML中细胞层次结构的第一步,作者重新分析了12名诊断为AML的13653个细胞scRNA-seq,重点关注原始干细胞和祖细胞群(白血病干细胞和祖细胞(leukemia stem and progenitor cells,LSPCs))。作者先前确定了两种正常人类造血干细胞转录组群体:一种是转录组多样性低的深度静止群体,另一种是CDK6表达较高的较浅静止状态。
The scRNA-Seq pipeline involves multiple stages. At first, a live single-cell suspension is created from tissue samples or cell cultures and sorted. Each sample is then combined with a specific antibody and pooled. Next, single cells are lysed to release mRNA and labeled with a unique oligo ...
scRNAseq has emerged as a revolutionary tool that allows for the exploration of gene expression profiles of thousands of cells at the single-cell level in just one experiment (Ramsköld et al.2012; Macosko et al.2015). A typical scRNA-seq pipeline consists of several steps: (i) sample ac...
接着,利用单变量和 LASSO Cox 回归分析,构建了 ICDRS 模型,这就好比搭建了一座桥梁,将基因数据和 AML 的预后联系起来。还运用了单细胞 RNA 测序(scRNA - seq)技术,深入研究 AML 骨髓微环境,就像用显微镜观察微观世界一样,让研究人员看到了细胞层面的奥秘。
③ 通过scRNA-seq分析,鉴定并注释了儿童LCH患者血液中单核吞噬细胞的主要亚群,该亚群中与RAS-MAPK-ERK相关的基因表达都发生了广泛的改变,且在高突变负荷的患者中观察到最高的RAS-MAPKERK通路活性。 ④ 使用BRAF抑制剂达布拉非尼(dabrafenib)靶向治疗LCH患者,可抑制MAPK级联反应,预防炎症,调节单核吞噬细胞内的细胞代谢...
尽管单细胞测序(scRNA-seq)和免疫荧光技术已经明确了AML的骨髓微环境异质性,并提出了LSCs的关键作用,但在血液疾病中,骨髓的空间转录组分析仍然是一个巨大的挑战。我们提出了一种基于脱钙的骨髓空转新方法——SPOT-seq,可以在保证mRNA完整性的前提下提供AML患者骨髓的空间转录组图谱。SPOT-seq方法整合了空间转录组学、...
Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) will enable the classification of AML and guide treatment approaches by profiling patients with different facets of the same disease, stratifying risk, and identifying new potential therapeutic targets at the time of diagnosis or after treatment. ScRNA-seq ...
✧为了评价1例注射aAVC-WT1后白血病细胞生长明显减少的患者的BM和PB中T细胞的基因特征，研究人员使用单细胞RNA测序(scRNAseq)对该例病人的一些标志物基因进行了跟踪分析。在BM中，诸如细胞毒性打分、增殖标志物和IFN反应标志物等效应标志物均增加。相比于PB中的T细胞，BM中的细胞毒性相关分子（GZMA, GZMB, GZMH, ...