NUM_BARCODES_PER_MEM_GB: 定义每 GB 内存可以处理的条形码数量,用于内存需求估算。 函数定义 is_whitelist_spatial(whitelist_name): defis_whitelist_spatial(whitelist_name):returnwhitelist_nameinSPATIAL_WHITELIST 功能: 判断给定的条形码白名单名称是否属于空间条形码白名单。
10X barcode是每一个凝胶珠所拥有的统一序列，即下图这个绿色的凝胶珠中，每一段序列的10Xbarcode是完全...
简而言之:UMI是唯一可识别的短序列,作为UMI是唯一的,所以我们可以知道在PCR扩增的过程中哪些是由同一条DNA扩增出来的。 基于标签(barcode)的单细胞识别,给每个细胞加上独一无二的DNA序列,这样在测序的时候,就把携带相同barcode的序列视为来自同一个细胞了。这种策略,可以通过一次建库,测得数百上千个单细胞的信息...
Cloud Studio代码运行 ### Code has not been tested on unsorted bam files,sort onbarcode(CB):### samtools sort-tCBunsorted.bam>sorted_tags.bam ### ###INPUT:.bam file to be sorted and output directory to place splitBC###OUTPUT:.bam fileforeach unique barcode,best to make anewdirectory#...
本文数据为单细胞三联文件的标准格式(barcodes.tsv.gz, features.tsv.gz, matrix.mtx.gz),不理解这三个文件内容的可看往期推文:非10x标准格式的单细胞数据读取及重复基因标记 我们将下载好的数据全部放到RAW文件夹中:RAW文件夹 接下来我们需要整理数据,按分组新建文件夹,...
简单地说,Barcode 是微珠的 ID,UMI 则是 DNA 的 ID。 Poly(dT)序列,将与 mRNA 的 Poly(A)尾巴结合,作为逆转录的引物,逆转录出 cDNA。 液流管路 芯片中的液流管路如下图所示,分两次混合两种液体。 第一个十字路口。细胞混悬液将在第一个十字交...
10xBarcode:用来标记不同的细胞 Sample Index:用来标记不同的样本 Truseq Read 1、2 :用来进行连接beads,cDNA的PCR扩增和加P7接头 P5和P7:用来进行illumina的桥式PCR测序。 在这些序列中,P5、P7、Read 1、2 的序列是已知的 和beads上连接的序列最开始只有Read1 ,10x Barcode,和poly(dT),其他的这些接头是怎样...
reads 1 :主要用来标记(barcode、UMI以及reads的来源) reads 2 :与基因组比对 (配合UMI进行定量) Barcode: 标记细胞 UMI (Unique Molecular Identifier):标记转录本 PolyT :捕获成熟的RNA 10X genomics单细胞测序通过Barcode来标记细胞和细胞计数,UMI 来标记转录本,这样与参考基因组比对后就可以定量基因的表达量 (转...
10xBarcode:用来标记不同的细胞 Sample Index:用来标记不同的样本 Truseq Read 1、2 :用来进行连接beads,cDNA的PCR扩增和加P7接头 P5和P7:用来进行illumina的桥式PCR测序。 在这些序列中,P5、P7、Read 1、2 的序列是已知的 和beads上连接的序列最开始只有Read1 ,10x Barcode,和poly(dT),其他的这些接头是怎样...
众所周知,测序数据单端测序就是一个fq文件,双端测序就2个。但是呢,10X的单细胞转录组原始数据的话, 比较特殊,它的测序文库中包括index、barcode、UMI和测序reads。 首先,1-26个cycle就是测序得到了26个碱基,先是16个Barcode碱基,然后是10个UMI碱基;