简而言之:UMI是唯一可识别的短序列,作为UMI是唯一的,所以我们可以知道在PCR扩增的过程中哪些是由同一条DNA扩增出来的。 基于标签(barcode)的单细胞识别,给每个细胞加上独一无二的DNA序列,这样在测序的时候,就把携带相同barcode的序列视为来自同一个细胞了。这种策略,可以通过一次建库,测得数百上千个单细胞的信息...
单细胞测序UMI10XBarcode 单细胞测序UMI10XBarcode 为了减少由于扩增引起的误差，⼈们在⼀些单细胞测序的步骤中增加了 UMI（unique molecular identifiers），UMIs 是由 4-10 个随机核苷酸组成的序列，在 mRNA 反转录后，进⼊到⽂库中，每⼀个 mRNA，随机连上⼀个 UMI，因此可以计数不同的 UMI，最终计数...
10X barcode是每一个凝胶珠所拥有的统一序列，即下图这个绿色的凝胶珠中，每一段序列的10Xbarcode是完全...
简单地说,Barcode 是微珠的 ID,UMI 则是 DNA 的 ID。 Poly(dT)序列,将与 mRNA 的 Poly(A)尾巴结合,作为逆转录的引物,逆转录出 cDNA。 液流管路 芯片中的液流管路如下图所示,分两次混合两种液体。 第一个十字路口。细胞混悬液将在第一个十字交...
1. 基础质控 首先， 我们先来看一下在人类结直肠癌样本和肺癌样本中的主要质控指标参数，如表1所示。从测序质量来看， 2个样本的测序数据量分别为721 M和361 M Reads, 有效Barcodes占比在90%左右，有效UMI占比接近100%，而测序饱和度分别为56.51%和24.32%， 相对较低（其中肺癌样本数测序饱和度更低可能...
基于10X Genomics 平台的高通量单细胞 RNA Seq技术是利用液滴法的原理,使用GemCode技术,通过控制微流体的进入,将带有 barcode、UMI(Unique Molecular Index,分子标签)、引物及酶的凝胶珠(Gel Beads)与单细胞混合,从而实现大规模的单细胞分离,以及单细胞文库构建的技术。
真正的单细胞测序:通过油滴-barcode-单细胞的对应关系,实现真正意义上的单细胞测序; 测序平台兼容度广:与Illumina各种型号的平台高度兼容。 样品要求: gDNA 片段要求:主带﹥50kb50kb~100kb插入片段Illumina PE150 测序深度≥100X 实例应用: 应用10x Genomics辅助基因组组装效果评估 ...
3. 释放的引物中包含30nt poly dT反转录引物,带有polyA的RNA被反转录为带有10X Barcode和UMI信息的cDNA一链,再以SMART方式完成二链合成。 4. 油滴破碎,磁珠纯化cDNA一链,然后PCR扩增cDNA。 5. cDNA扩增完成后酶切片段化并磁珠筛选最适...
10x Genomics Chromium controller和X系列平台基于Next GEM的微流控和 barcode 标记等技术,可实现真正意义上的单细胞分选和标记。该技术的核心是通过构建GEM体系来实现单个细胞的分离, 通过该捕获平台最终生成的是一个个的油包水(也即是GEM),生成的GEM是含有细胞、酶、凝胶珠子的混合液。 GEMs形成后细胞裂解,凝胶珠...
Oligo dT序列(图中第一条)由4个部分组成:read1用于上机测序;第二段是16bp 的10x barcode序列,每一个Gel Beads都携带不同的barcode , 可标记获取的mRNA都来自于哪一个细胞;第三段UMI长度为12bp, 可以将转录本序列进行绝对定量,避免扩增产生偏好;第四段是30bp的ployT,用于捕获有ployA尾的转录本。