10X barcode是每一个凝胶珠所拥有的统一序列，即下图这个绿色的凝胶珠中，每一段序列的10Xbarcode是完全...
4.Valid UMIs:有效的UMI数占总的reads的比例; 5.Sequencing Saturation:测序饱和度;就是在当前测序深度情况下,有多少比例的捕获到的mRNA被测出来了,比如这里的测序饱和度是60%,说有60%的mRNA基因被检测出来了,如果加大测序深度,每多测10条reads,将有4条被检测出来。 6.Q30 Bases in Barcode:Barcode 序列大于 ...
barcode : 每一个单细胞的cDNA文库,就带上了独一无二的barcode了,barcode是用来区分细胞的,跟umi不同。 UMI:(Unique Molecular Identifiers)是短序列,用于唯一标记样品库中的每个分子。UMI被广泛用于测序应用,大多关于DNA和cDNA的PCR重复。UMI去重复还可用于RNA-seq基因表达分析和其他定量测序方法。简而言之:UMI是...
10x Genomics空间转录组用于文库构建的每张载玻片上有四个捕获区域，每个捕获区域的大小为6.5x6.5mm，包含5000个被条形码标记的点（barcoded spots），每个点的直径为55 μm，点和点之间中心的距离为100 μm，并且每个点都有一个唯一的barcode序列。组织切片的细胞中会释放出mRNA，迁移到每个spot的mRNA会被标记上...
简单地说,Barcode 是微珠的 ID,UMI 则是 DNA 的 ID。 Poly(dT)序列,将与 mRNA 的 Poly(A)尾巴结合,作为逆转录的引物,逆转录出 cDNA。 液流管路 芯片中的液流管路如下图所示,分两次混合两种液体。 第一个十字路口。细胞混悬液将在第一个十字交...
10x Genomics Chromium系统利用微流控技术分选单个细胞后将细胞分配到油包水微反应体系中,并通过每个微反应体系中含有的特定DNA标记序列(10X barcode和UMI )区分不同单细胞和转录本,可实现单细胞分辨率上的各类测序。 简介 传统的高通量测序技术被广泛应用于研究不同组织/品种/处理/时间点等样本,但多是反映特定组织/...
barcode : 每⼀个单细胞的cDNA⽂库，就带上了独⼀⽆⼆的barcode了,barcode是⽤来区分细胞的，跟umi不同。UMI：（Unique Molecular Identifiers）是短序列，⽤于唯⼀标记样品库中的每个分⼦。UMI被⼴泛⽤于测序应⽤，⼤多关于DNA和cDNA的PCR重复。UMI去重复还可⽤于RNA-seq基因表达分析和...
10x Genomics空间转录组用于文库构建的每张载玻片上有四个捕获区域,每个捕获区域的大小为6.5x6.5mm,包含5000个被条形码标记的点(barcoded spots),每个点的直径为55 μm,点和点之间中心的距离为100 μm,并且每个点都有一个唯一的barcode序列。 组织切片的细胞中会释放出mRNA,迁移到每个spot的mRNA会被标记上相应的...
6.Q30 Bases in Barcode:Barcode 序列大于 Q30 比例; 7.Q30 Bases in RNA Read:捕获的mRNA序列大于 Q30 比例; 8.Q30 Bases in UMI:UMI 序列大于 Q30 比例。 3.Mapping结果 1.Reads Mapped to Genome : 比对到参考基因组上的 Reads 所占的比例; ...
技术核心是油滴包裹的凝胶珠(GEM),该系统含有75万种Barcoded beads,包含Read 1测序引物、10 x Barcode序列、UMI以及poly dT反转录引物。GEM形成后,细胞裂解,凝胶珠自动溶解释放大量barcode序列,随后mRNA逆转录产生带有Barcode和UMI信息的cDNA。cDNA为模板进行PCR扩增,然后进行cDNA打断、加测序接头P5及测序引物R1等传统...