每个Gel Bead表面都长着非常多的小触角(Primer),常用的是图2右侧最上面那种Poly(dT)primer。区分细胞的关键就在图2中绿色的10x BC(Barcode序列标签),同一个Gel Bead上的小触角中Barcode序列完全相同。而图2中橙色的UMI序列标签用于测序后定量,同一个Gel Bead上的小触角中UMI各不相同。Poly(dT)就不用说了,抓...
barcode : 每一个单细胞的cDNA文库,就带上了独一无二的barcode了,barcode是用来区分细胞的,跟umi不同。 UMI:(Unique Molecular Identifiers)是短序列,用于唯一标记样品库中的每个分子。UMI被广泛用于测序应用,大多关于DNA和cDNA的PCR重复。UMI去重复还可用于RNA-seq基因表达分析和其他定量测序方法。简而言之:UMI是...
10X barcode是每一个凝胶珠所拥有的统一序列，即下图这个绿色的凝胶珠中，每一段序列的10Xbarcode是完全...
10x Genomics空间转录组用于文库构建的每张载玻片上有四个捕获区域，每个捕获区域的大小为6.5x6.5mm，包含5000个被条形码标记的点（barcoded spots），每个点的直径为55 μm，点和点之间中心的距离为100 μm，并且每个点都有一个唯一的barcode序列。组织切片的细胞中会释放出mRNA，迁移到每个spot的mRNA会被标记上...
barcode : 每⼀个单细胞的cDNA⽂库，就带上了独⼀⽆⼆的barcode了,barcode是⽤来区分细胞的，跟umi不同。UMI：（Unique Molecular Identifiers）是短序列，⽤于唯⼀标记样品库中的每个分⼦。UMI被⼴泛⽤于测序应⽤，⼤多关于DNA和cDNA的PCR重复。UMI去重复还可⽤于RNA-seq基因表达分析和...
简单地说,Barcode 是微珠的 ID,UMI 则是 DNA 的 ID。 Poly(dT)序列,将与 mRNA 的 Poly(A)尾巴结合,作为逆转录的引物,逆转录出 cDNA。 液流管路 芯片中的液流管路如下图所示,分两次混合两种液体。 第一个十字路口。细胞混悬液将在第一个十字交...
2. 单个GEM依次形成后再全部混合,细胞裂解,凝胶珠自动溶解释放大量引物序列。 3. 释放的引物中包含30nt poly dT反转录引物,带有polyA的RNA被反转录为带有10X Barcode和UMI信息的cDNA一链,再以SMART方式完成二链合成。 4. 油滴破碎,磁珠纯...
10x Genomics Chromium系统利用微流控技术分选单个细胞后将细胞分配到油包水微反应体系中,并通过每个微反应体系中含有的特定DNA标记序列(10X barcode和UMI )区分不同单细胞和转录本,可实现单细胞分辨率上的各类测序。 简介 传统的高通量测序技术被广泛应用于研究不同组织/品种/处理/时间点等样本,但多是反映特定组织/...
10x Genomics空间转录组用于文库构建的每张载玻片上有四个捕获区域,每个捕获区域的大小为6.5x6.5mm,包含5000个被条形码标记的点(barcoded spots),每个点的直径为55 μm,点和点之间中心的距离为100 μm,并且每个点都有一个唯一的barcode序列。 组织切片的细胞中会释放出mRNA,迁移到每个spot的mRNA会被标记上相应的...
10x Genomics空间转录组用于文库构建的每张载玻片上有四个捕获区域,每个捕获区域的大小为6.5x6.5mm,包含5000个被条形码标记的点(barcoded spots),每个点的直径为55 μm,点和点之间中心的距离为100 μm,并且每个点都有一个唯一的barcode序列。 组织切片的细胞中会释放出mRNA,迁移到每个spot的mRNA会被标记上相应的...