第一段序列:Barcode长度为16nt,可标记获取的mRNA都来自于哪一个细胞,一共有400多万种(理论上是4^16,但实际上要保证GC分布,所以只有400多万种)。一个Gel beads对应一种Barcode,因此可以区分不同的Gel beads(每个凝珠的Barcode之间要保持2nt差异或以上,防止误测导致Gel beads识别错误) 第二段序列:UMI“unique mu...
另一种标准化方法是使用 Unique Molecular Identifiers (UMIs)(Kivioja et al. 2012).UMIs是一种随机条形码(barcode)序列,长度在4-20 bp之间。 在扩增步骤之前(通常在反转录期间),UMIs被添加在每个转录本cDNA的3’或5’端。之后,对转录本末端进行靶向测序。这些barcodes使得在扩增步骤之前,可以对转录本进行定量。...
第一段是16个碱基长度的Barcode 一共有400万种Barcode,一个微珠是对应于一种Barcode,通过这400万种Barcode,可以把凝胶微珠给区分开。 任意两个Barcode之间至少差两个或两个以上的碱基,这样可以避免因为测序的时候对碱基的误读,而导致把两个Barcode搞混。 第二段序列是UMI序列(unique multiplex index) UMI是一段随...
Barcode(细胞条形码):这段barcode是16个碱基的长度。一共有400万种barcode,一个微珠是对应于一种barcode,通过这400万种barcode,每个凝胶珠上的barcode是唯一的,可以把凝胶微珠给区分开,任意两个barcode之间至少差两个或两个以上的碱基,确保后续测序结果可以区分不同细胞的来源。 UMI(unique multiplex index 唯一分子...
简单地说,Barcode 是微珠的 ID,UMI 则是 DNA 的 ID。 Poly(dT)序列,将与 mRNA 的 Poly(A)尾巴结合,作为逆转录的引物,逆转录出 cDNA。 液流管路 芯片中的液流管路如下图所示,分两次混合两种液体。 第一个十字路口。细胞混悬液将在第一个十字交...
R1: 26 表示10X barcode 的 16bp碱基 + 10bp UMI; i7: 8表示 8bp 样本index序列 Read 2: 98 中星号符号表示长度不固定。 4.1 i7 sample index的作用? i7 sample index(library barcode)是加到Illumina测序接头上的,保证多个测序文库可以在同一个flow-cell上或者同一个lane上进行混合测序(multiplexed)。不同...
• Barcode文件(来自于10X下机数据) • cDNA文件(来自于10X下机数据) • Barcode白名单(来自于10X官网,v3版本的是:3M-february-2018.txt) • Barcode长度是否与Read长度相等(通常情况下,Read中不含 poly-T 时,设置为“是”,否则设置为“否”) ...
Barcode Processing 执行此步骤是为了修复条形码(barcode,细胞的标识)中偶尔出现的测序错误,从而使片段与原始条形码相关联,从而提高数据质量。16bp条形码序列是从“I2”索引读取得到的。每个条形码序列都根据正确的条形码序列的“白名单”进行检查,并计算每个白名单条形码的频率。我们试图纠正不在白名单上的条形码,方法是找...
首先,1-26个cycle就是测序得到了26个碱基,先是16个Barcode碱基,然后是10个UMI碱基;这个文件就是R1了,但是它有可能也是在100bp或者150bp里面,因为测序仪就是这样的规格,只能说浪费掉。。。 然后,27-34这8个cycle得到了8个碱基,就是i7的sample index;这个文件可有可无,就不关心它了。 最后...