第一段序列:Barcode长度为16nt,可标记获取的mRNA都来自于哪一个细胞,一共有400多万种(理论上是4^16,但实际上要保证GC分布,所以只有400多万种)。一个Gel beads对应一种Barcode,因此可以区分不同的Gel beads(每个凝珠的Barcode之间要保持2nt差异或以上,防止误测导致Gel beads识别错误) 第二段序列:UMI“unique mu...
另一种标准化方法是使用 Unique Molecular Identifiers (UMIs)(Kivioja et al. 2012).UMIs是一种随机条形码(barcode)序列,长度在4-20 bp之间。 在扩增步骤之前(通常在反转录期间),UMIs被添加在每个转录本cDNA的3’或5’端。之后,对转录本末端进行靶向测序。这些barcodes使得在扩增步骤之前,可以对转录本进行定量。...
Barcode(细胞条形码):这段barcode是16个碱基的长度。一共有400万种barcode,一个微珠是对应于一种barcode,通过这400万种barcode,每个凝胶珠上的barcode是唯一的,可以把凝胶微珠给区分开,任意两个barcode之间至少差两个或两个以上的碱基,确保后续测序结果可以区分不同细胞的来源。 UMI(unique multiplex index 唯一分子...
第一段是16个碱基长度的Barcode 一共有400万种Barcode,一个微珠是对应于一种Barcode,通过这400万种Barcode,可以把凝胶微珠给区分开。 任意两个Barcode之间至少差两个或两个以上的碱基,这样可以避免因为测序的时候对碱基的误读,而导致把两个Barcode搞混。 第二段序列是UMI序列(unique multiplex index) UMI是一段随...
• Barcode长度是否与Read长度相等(通常情况下,Read中不含 poly-T 时,设置为“是”,否则设置为“否”) • 预期数据数(一个整数,表示预期样本中有多少个细胞) 设置完毕,点击“运行流程”就可以了。 细心的朋友可能注意到,RNA STARSolo 不需要 10X 下机的I1(Illumina通道信息)文件。
Barcode。10X 人工设计 16nt 的碱基序列,一共有 400 万种 Barcode,单次测序中一个微珠可以对应一种 Barcode,从而将微珠区分开。 任意两个 Barcode 之间至少相差两个碱基,避免因单个碱基误读而将微珠弄混。 UMI。UMI 全称「unique multiplex index」,是...
首先,1-26个cycle就是测序得到了26个碱基,先是16个Barcode碱基,然后是10个UMI碱基;这个文件就是R1了,但是它有可能也是在100bp或者150bp里面,因为测序仪就是这样的规格,只能说浪费掉。。。 然后,27-34这8个cycle得到了8个碱基,就是i7的sample index;这个文件可有可无,就不关心它了。 最后...
10x 可以通过 Barcode 锚定非同源区,准确将同源区序列比对到准确的位置。 5. 10x 输入的 DNA 分子越长越好,官方建议平均分子长度≥50Kb, 如果小的话,会有什么影响?最小建议是多少? 如下图所示,随着输入分子长度的减小,最终 N50 Phase Block 的长度,成功分型的 SNPs<100K...
基于10X Genomics 平台的高通量单细胞 RNA Seq技术是利用液滴法的原理,使用GemCode技术,通过控制微流体的进入,将带有 barcode、UMI(Unique Molecular Index,分子标签)、引物及酶的凝胶珠(Gel Beads)与单细胞混合,从而实现大规模的单细胞分离,以及单细胞文库构建的技术。