带有polyA的RNA被反转录为带有10x Barcode和UMI信息的cDNA一链，再以SMART方式完成二链合成。4. 油滴破碎，磁珠纯化cDNA一链，然后PCR扩增cDNA。5. cDNA扩增完成后酶切片段化并磁珠筛选最适片段，通过末端修复、加A、接头连接Read2测序引物，再以PCR方式构建含有P5和P7接头的cDNA文库
二者操作上的区别，就是smart-seq属于low-throughput（直白的说就是在96孔板、或者384孔板、或者PCR管里...
通过测序后,我们可以通过读取10x Barcode及Feature Barcode的序列信息,得知每一个细胞内有哪些RNA在表达,其细胞表面有哪些蛋白,其能识别哪些抗原。 TCR/BCR的V(D)J序列是如何获得的呢? 因为V(D)J序列就在mRNA上,且靠近mRNA 5’端,所以我们在当初捕获mRNA的时候,不仅能得到转录组的全长序列,并保留了靠近mRNA的...
Chromium X,捕获原理是什么? Chromium X的单细胞捕获原理还是基于Next GEM的微流控捕获原理,细胞和反应试剂及Geal Beads被包裹在一个油滴里。每个油滴形成一个微反应体系,同细胞里的RNA被标记上相同的10x Barcoded。测序后,对单细胞数据进行拆分。不过,Chromium X有16个通道,每个通道最多可以捕获2万个单细胞。此...
Barcode: 标记细胞 UMI (Unique Molecular Identifier):标记转录本 PolyT :捕获成熟的RNA 10X genomics单细胞测序通过Barcode来标记细胞和细胞计数,UMI 来标记转录本,这样与参考基因组比对后就可以定量基因的表达量 (转录本数量,近乎绝对定量)。 在2019年3月7日10x官方网站对“单细胞基因表达入门”的直播视频中提到(...
通过测序后,我们可以通过读取10x Barcode及Feature Barcode的序列信息,得知每一个细胞内有哪些RNA在表达,其细胞表面有哪些蛋白,其能识别哪些抗原。 TCR/BCR的V(D)J序列是如何获得的呢?因为V(D)J序列就在mRNA上,且靠近mRNA 5’端,所以我们在当初捕获mRNA的时候,不仅能得到转录组的全长序列,并保留了靠近mRNA的5...
是指油滴包裹的含有barcode的gel beads，细胞，反应试剂的混合物。
因为Feature Barcode序列是一段15bp的碱基,所以其种类可达415组合。目前,已知客户用这种技术手段一次检测200多种蛋白是没有问题的。 10x Genomics 单细胞3'端mRNA+CRISPR gRNA检测 10x Genomics技术还可以实现在一个细胞内观察导入的gRNA以及其对细胞转录表达的扰动。首先,对CRISPR gRNA进行改造,在其 3’端固定区域加...
1. 制备好的细胞悬液、10x barcode凝胶磁珠和油滴分别加入到Chromium Chip B的不同小室，经由微流体...