Step0、Prepare your sample(样品制备):酶解样品,制备单细胞悬液 Step1、GEM generation(生成油包水结构体系) Step2、Construct your 10x library(文库构建):构建用于测序的cDNA文库 Step3、Sequencing(测序):illumina测序 Step4、Analyze your data(数据分析):10x提供下机数据的分析软件Cell Ranger,可以提供质控报告和...
「10x 单细胞转录组测序」 单细胞转录组测序是在单个细胞水平进行高通量转录组测序的一项新技术,能够有效解决细胞异质性以及bulk RNA-seq被掩盖的细胞群内转录组异质性难题,有助于发现新的稀有细胞类型,深入了解细胞生长过程中的表达调控机制。 10x Genomics Chromium系统利用微流控、油包水的微反应体系,通过序列标签...
10x Genomics单细胞转录组测序(single cell RNA-seq, scRNA-seq),是在单个细胞水平对 mRNA 进行高通量测序的一项新技术,其能够以高通量和单分子分辨率研究单个细胞表达谱,揭示复杂细胞群体的异质性,避免单个细胞的基因表达信号被群体的平均化所掩盖。 10x Genomics系统具有高通量、周期短、适用范围广等优势,一个样品...
在单细胞转录组数据分析之前,需要做很多准备工作:1)分析环境的搭建以及各个分析软件的安装;2)参考基因组的选择;3)准备待分析的数据;4)搭建分析流程。与常规的RNA-Seq一样,10x单细胞RNA-Seq也需要测序数据比对到参考基因组进行基因的定量。那么参考基因组的质量就对单细胞的分析结果有着重大的影响。本文主要为大家...
10x Genomics单细胞转录组测序通过微流控分选单个细胞,然后通过带有barcode和引物的磁珠与细胞结合,被油滴包裹形成油包水结构,实现了对大量细胞的快速高效标记、测序和分析,获得单细胞水平转录表达信息,并依据特征基因的表达对不同细胞群进行鉴定和注释,实现样本、细胞群之间的差异分析、细胞演化过程以及细胞与细胞间的相互...
方法：10x Genomics高通量单细胞转录组测序 研究目的 子宫内膜是播种生命的“土壤”。然而，子宫内膜损伤和宫腔粘连会让这片“土壤”变得贫瘠，从而导致不孕症。宫腔粘连（Intrauterine Adhesions，IUA）又称Asheman综合征，是由于各种原因导致的子宫内膜损伤，引起宫腔纤维化粘连，使宫腔部分或全部闭塞。目前，IUA治疗的...
3、10X单细胞转录组测序, 同时测一个组织中上万个细胞的mRNA,分析基因差异表达、细胞分群。检测到的基因数量较其它方法少,通量高,成本低。 极客基因科技有限公司成立于2016年,专注于单细胞/少量细胞测序技术的开发推广及医学应用。公司为科研和企业用户提供技术服务,并且将单细胞测序技术与器官小体技术结合,助力药物筛...
#设置工作路径setwd('E:/project/test/')dir='E:/project/test/cellranger'#设置样本名samples=c("100","400")samples#获取单细胞数据sceList=lapply(samples,function(pro){print(pro)sce=CreateSeuratObject(Read10X(file.path(dir,pro)),project=pro,min.cells=5,min.features=200)return(sce)})#会自动...
方法：10x Genomics高通量单细胞转录组测序（由欧易生物提供技术支持）研究背景 本研究首次通过scRNA-seq分析了免疫细胞和基质细胞在宫颈癌进展过程中转录状态的变化，包括正常组织、HSIL、肿瘤和淋巴结转移灶。本研究将有助于更深入地了解宫颈癌进展过程中TME的细胞特征，并有助于开发抑制宫颈癌的起始和进展的新治疗方法...
1、10x单细胞转录组测序实验方案 测序策略:Illumina平台PE150 数据量与捕获的细胞数量相关,捕获细胞越多,产生的数据量也越多,具体如下: 2、单细胞转录组测序技术优势 (1)精准分选:利用10x Genomics平台,实现真正的单细胞测序; (2)细胞捕获率高达65%,可实现大量单细胞的快速高效标记、测序和分析; ...