#设置工作路径setwd('E:/project/test/')dir='E:/project/test/cellranger'#设置样本名samples=c("100","400")samples#获取单细胞数据sceList=lapply(samples,function(pro){print(pro)sce=CreateSeuratObject(Read10X(file.path(dir,pro)),project=pro,min.cells=5,min.features=200)return(sce)})#会自动...
10x单细胞转录组测序实验流程 1.提取单细胞RNA并转录测序需要先对细胞进行分离和捕获。 Extraction of single-cell RNA and transcription sequencing requires separation and capture of cells. 2.分离捕获的单细胞需要经过裂解和提取RNA。 The separated and captured single cells need to undergo lysis and RNA ...
首先,通过比对参考基因组去除条形码,确定每个细胞的转录本。然后,进行转录本定量,识别细胞类型,分析基因表达差异,挖掘细胞状态和功能的异质性。此外,还可以进行细胞聚类、细胞轨迹推断等高级分析。 总的来说,10xGenomics单细胞转录组测序流程涵盖了从细胞准备到数据分析的全过程,它为我们提供了对复杂细胞群体的精细洞察,...
10x Genomics Chromium系统通过每个微反应体系中含有的特定DNA标记序列(10x barcode和UMI )区分不同单细胞和转录本,可实现单细胞分辨率上的各类测序。近年来,基于10x 单细胞测序的高分文章发表数量逐年递增,且平均影响力因子超15分!真可谓是高分文章发表利器。 试验设计没思路?一次给你捋清楚! 单细胞测序的试验是否和...
10X单细胞转录组原始测序数据的Cell Ranger流程(仅需800元)\x0d\x0a直接联系我们的接单微信《生信树》搜索微信号即可: bioinfotree\x0d\x0a(添加好友务必备注 高校或者工作单位+姓名,方便后续认识)
1.一种适用于10x单细胞转录组测序数据的分析方法,其特征在于,包括下列步骤: 1)测序数据处理, 使用10xgenomics官方的cellrangercount流程对原始数据进行处理: 使用count程序对下机的fastq文件进行处理,得到每个细胞的基因的表达reads数; 根据count程序生成的网页中的信息,对测序结果进行质控; 2)seurat数据过滤, 使用seura...
本文概述了执行10x Genomics单细胞RNA测序的实验流程。 实验流程: 样本准备: 使用适当的方法(如FACS或显微切割)从生物样本中分离目标细胞。 通过进行活/死细胞染色并在显微镜下检查,确保细胞活力和质量。 Chromium单细胞3'文库制备试剂盒: 根据制造商的说明准备Chromium单细胞3'试剂盒。 将细胞和试剂加载到Chromium ...
1、至少针对上述现有技术存在的一个问题,本发明提供一种基于10x平台的微生物单细胞转录组测序方法,实验操作流程更加简单,缩短实验过程时间,同时设计带有non-poly(dt)固定序列的随机六碱基反转录引物psn-n6-primer,适用性更加广泛。 2、为了实现上述目的,本发明采用如下技术方案:一种基于10x平台的微生物单细胞转录组测序...
一种基于10x单细胞转录组测序数据的分析方法,包括如下步骤: s1,测序数据质控和表达量定量:即对10x单细胞转录组测序数据进行测序数据、细胞数据的质量统计与控制,并与参考基因组比对以定量各基因表达量; s2,基于10x单细胞转录组测序数据进行单细胞亚群分类;
#设置工作路径setwd('E:/project/test/')dir='E:/project/test/cellranger'#设置样本名samples=c("100","400")samples#获取单细胞数据sceList=lapply(samples,function(pro){print(pro)sce=CreateSeuratObject(Read10X(file.path(dir,pro)),project=pro,min.cells=5,min.features=200)return(sce)})#会自动...